昌平区卫生局是按纪检、监察机构按有关规定设置建立的，位于昌平区西环南路58号。
主要职责
（一）贯彻落实国家和
北京市关于卫生方面的法律、法规、规章和政策；推进医药卫生体制改革；统筹协调本区卫生资源，编制本区卫生总体规划并组织实施，维护社会医疗卫生秩序。
（二）负责本区医疗卫生行业的监督管理；负责对本区医疗机构、采供血机构和医务人员落实相关管理规定、标准和服务规范进行监督管理；负责建立医疗服务评价和监督体系。
（三）负责本区疾病预防控制工作，拟订地方免疫规划及政策措施，组织有关部门对重大疾病实施防控与干预，负责传染病疫情信息报送。
（四）负责妇幼卫生保健、结核病防治、慢性病防治、精神卫生保健及肿瘤防治工作；负责建立农民医疗保障制度；负责基层卫生服务体系建设。
（五）负责本区卫生应急工作，拟订卫生应急预案和政策措施；负责突发公共卫生事件的监测预警、预防控制和应急处置工作，承担区突发公共卫生事件应急指挥部的具体工作。
（六）贯彻中西医并重的方针，推进中医药事业的继承、创新与合作。
（七）根据职责分工，负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理；负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理；负责消费环节的食品安全监督管理。
（八）贯彻落实《献血法》，负责组织辖区内义务献血动员，组织公民无偿献血工作。
（十）参与计划生育指导工作。
（十一）负责本区医药卫生人才工作的综合管理，负责本系统人才队伍建设和医学科研工作。
（十二）负责监督农村改水的有关工作。
（十三）负责在法定权限内对公共卫生、医疗、餐饮方面的安全工作承担监督管理责任；拟订本区卫生医疗机构有关安全方面的规章制度，并监督实施。
（十四）承办区政府交办的其他事项。
内设机构
根据上述职责，区卫生局设8个内设机构。
（一）办公室
负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作，承担信息、信访、议案、建议、提案、安全、保密、
政府信息公开、电子政务、宣传和接待联络等工作；负责重要文稿的起草工作；承担重要事项的组织与督查工作；负责机关及所属单位后勤保障工作；承担机关推进依法行政综合工作；负责医学统计工作；负责突发公共卫生事件应急处理协调工作；承担区突发公共卫生事件应急指挥部的具体工作。
（二）医政科
负责拟订本区医疗机构设置规划；负责医疗行政管理、医疗机构的资格审批；负责执行医疗技术应用准入制度和从业人员资格认定及注册工作；负责实施医疗、护理、医技质量和服务标准，规范化服务达标工作；规范医疗、护理职业行为，打击非法行医；负责社会活动医疗保障、重大医疗急救、医疗事故、医疗纠纷的处理和鉴定工作；负责
社区卫生服务和农民医疗保障工作；负责医学教育、科研工作；负责本系统药政器械的管理工作。
（三）防保科
负责制定初级卫生保健规划并组织实施；负责研究提出疾病预防控制相关政策，拟订卫生防疫规划并组织实施；负责食品卫生、生活饮用水卫生、职业卫生、放射卫生和学校卫生监督执法的组织管理；负责妇幼保健、残疾康复和精神卫生工作；负责健康教育工作。
组织拟订本区中医事业发展规划和年度计划，并组织实施；指导全区中医基本建设；组织实施中医药管理规范和技术标准，对中医机构设备配置及中医专项资金的使用进行论证和审核。
（五）献血办公室
推行无偿献血制度，宣传、动员、组织公民无偿献血；制定下达全区献血指标；监督管理采供血机构及临床用血质量；指导医疗机构科学合理用血；负责本区血液调剂工作；依法处罚献血工作中出现的违法行为。
（六）爱国卫生运动委员会办公室
贯彻本市爱国卫生工作的政策和措施，并组织实施；统筹协调开展爱国卫生工作，依法负责公共场所禁烟的监督检查工作和除“四害”的组织与监督工作；负责农村改厕工作；负责普及卫生知识及健康教育工作。
（七）财务科
负责本系统年度财务预算、核算、决算工作；负责机关财务、资产管理、内部审计等工作；负责监督检查所属单位的财务、资产管理工作；负责专控商品的审核工作；对医疗机构收支两条线及药品超支缴款工作进行监督检查；负责本区卫生行业的医疗服务收费和药品价格收费、
行政事业性收费的监督管理工作；负责对本系统预决算、财务收支及经济活动进行审计、监督；负责对资产的保值、增值、运营状况和经济效益进行评价和鉴定；负责本系统会计人员管理、培训、执法工作；负责本系统基建工作，协助有关部门对工程进行规划、检查、督促验收。
（八）政工科
负责机关及所属单位党的建设、精神文明建设和思想政治建设工作；负责机关及所属单位宣传、统战、工会、共青团、妇联、计划生育工作；按权限负责机关及所属单位领导班子建设和干部管理工作；负责机关及所属单位人事、机构编制、离退休、内保等工作；负责分配到本系统工作的新毕业大学生；负责
专业技术人员资格考试和技术职务聘任工作；负责工人考工等级申报工作；负责本系统
人事档案管理工作。