蔡小豆意外的发现蓝多多其实是个外星人，因为自己所在星球被黑星人污染了环境，他被派到地球来寻找金木水火土元素来拯救自己的星球。蓝多多在飞船上探测到要寻找的物品叫源水晶，被藏在不停破坏地球的黑心博士的实验室中。
蔡小豆发现蓝多多拥有超能力，可以帮他解决学校遇到的困难，他借助蓝多多的超能力工具解决了问题，却引来了更多麻烦。
古丽、
古拉、
包大雷、
关小颖四个小伙伴很快得知了蓝多多的外星人身份，却商定好为蓝多多保密。
蓝多多通过探测仪搜索发现自己要寻找的神秘元素就在学校里，几个小伙伴开始帮蓝多多一起寻找，蓝多多也借助记忆消除棒的帮助，跟大家一起到学校上学，伺机寻找，同时也认识了刚猛的费金刚老师、脾气火爆的严丽老师、弯弯绕的胡薇薇老师与和蔼可亲的高校长。
正当所有人欢欣鼓舞时，外星怪物发现黑心博士不再帮他们破坏地球，开始大举进攻，准备自己动手消灭自然环境。蓝多多打败了黑星将军，让包子妈妈恢复了记忆。可是蓝多多完成了任务，就要回比特星了。大家都舍不得他。在准备回星球时，通过小豆的录像感到了朋友们真挚的友谊，不顾自己法力、资格的消失，决定呆在地球，当了一个普通的地球人。
该剧是根据近年来环境问题愈发突出，环境教育也日渐成为儿童教育中的重要内容而创作的。《星际精灵蓝多多》旨在以电视艺术独特的传播形式和表现手段，向孩子们宣传环境保护知识与技能，让孩子们从小树立环境意识，热爱自然，热爱地球。
拍摄《星际精灵蓝多多》的摄影棚位于北京昌平区阿苏卫村，置景1500平方米。整个创作团队经历了只有局部场景供热等困难。在拍摄过程中，导演赵牛有着“孩子王”称号，带着小演员走戏、词声情并茂；蔡小豆的扮演者在对词时还不断给大人出主意；“蓝多多”的耳朵和鼻子需要做特型，沾过胶水的小耳朵被冻坏了，可小誉博从不喊疼。
《星际精灵蓝多多》以“保护环境，保卫美丽的地球”为主题，融合科幻、环保和中国文化元素，融合真人、动画和特技多种技术，结合当代儿童心理，以夸张搞笑的风格，用新颖独特的方式为孩子们演绎了一个个妙趣横生的智斗外星怪物的故事，让孩子们在学习环保知识和技能的同时，能够在笑声中学习、思考和成长。（新华网评价）
环保儿童剧《星际精灵蓝多多》，将环境教育融入电视剧，使孩子们在欢声笑语中潜移默化地接受环境教育，建立起对环境，对自然的感情。将绿色的种子播撒进更多孩子的心中，在孩子们心里种下一片片绿色，这也是绿化基金会的职责所在。（中国绿化基金会陈蓬评）