昭仁殿始建于明代，为乾清宫东侧小殿。昭仁殿南向，单檐歇山顶，上覆黄琉璃瓦。面阔3间，正中明间辟门，两次间槛窗。殿前接抱厦3间。

明时，殿前有斜廊通乾清宫及东庑，清代改廊为砖墙，自成一院，有小门以通内外。殿后接室3间，均为藏书之处。殿之东设龙光门，明代已有，是正宫通向东路的安全出口。

明崇祯十七年（1644年），李自成攻入北京，崇祯皇帝出禁城自缢前在此砍杀其女昭仁公主。

清朝，昭仁殿成为皇帝读书的地方。殿后西室匾曰“慎俭德”，再西有匾曰“五经萃室”。

乾隆九年（1744年），皇帝下诏从宫中各处藏书中选出善本呈览，列架于昭仁殿内收藏，并御笔书“天禄琳琅”匾挂于殿内。乾隆四十年（1775年），又命大臣重新整理，剔除赝刻，编成《天禄琳琅书目前编》十卷，记载了每一部藏书的刊印年代及流传、收藏、鉴别等情况。当时昭仁殿共有宋、金、元、明版藏书429部。乾隆四十八年（1783年），乾隆皇帝认为南宋岳珂所校刻的《易》、《书》、《诗》、《礼记》、《春秋》五经十分重要，命诸臣在昭仁殿后室特辟一小室，赐名“五经萃室”，御题匾额，悬于室内，并设围屏，上刻“五经萃室记”，旁有联曰：“有秋历览登三辅，旰食惟期协九经”。后嘉庆皇帝亦常临室阅览，并作有《五经萃室观书诗》。

嘉庆二年（1797年）十月，乾清宫失火，延烧昭仁殿，《天禄琳琅》之珍贵藏书被焚为灰烬。同月，嘉庆皇帝命重辑《天禄琳琅续编》，于次年完成。嘉庆二年（1798年）昭仁殿重建，收贮《天禄琳琅续编》659部，12,258册。“五经萃室”亦重新恢复，藏《相台五经》。昭仁殿的藏书中，宋金版本用锦函，元版本用青绢函，明版本用褐色绢函，分架排列，皇帝可以随时到此览阅，十分方便。