分子标记中，显性和共显性，对等位基因而言，即指所扩增的PCR产物(DNA片段)。像
RAPD、
ISSR等显性标记，
PCR产物无法确切确定，因而无法区分
杂合体（heterozygosity），只能按有带无带进行分析，记录为0/1；而
SSR等
共显性标记，则能区分杂合体，即二倍体及多倍体
染色体DNA上的不同变异都能显现出来，而且不仅可采用0/1记录也可按扩增产物的长度（bp）进行记录和分析，是一种能区分杂合体的共显性标记，即如果同源染色体上相同的locus上，存在插入、缺失等变异，即便是单个碱基对上的差异也能同时显示并加以分辨。
所以，共显性标记，在揭示
遗传多样性方面要比显性标记具有更大的优势。更为重要的是，SSR引物是以外显子保守序列为引物结合点，即以已知DNA序列为基础所开发的引物，在基因组上具有特定的位置，所以在
QTL等分析上，应用极为广泛。