曲阜师范学院于1956年12月成立孔子研究会，1979年1月24日成立孔子研究室，1983年2月8日经山东省教育厅批准，扩充为孔子研究所，属系一级建制。

孔子研究所是曲阜师范大学的一个科学研究机构，也是目前全国专门研究孔子的学术单位。研究方向是：在马列主义、毛泽东思想指导下，分析研究孔子、儒家的思想遗产，探讨建设具有中国特色的社会主义和孔子学说的关系，批判地继承、发展其积极因素，为社会主义物质文明和精神文明建设服务，同时，也为促进国内外孔子研究学术活动的发展做出贡献。具体目标是把孔子研究所建设成为孔子研究中心、孔子研究的资料中心、孔子研究人员培训中心。

曲阜师范大学孔子研究所承担的研究课题主要有：①孔子思想、孔子弟子思想，儒学发展史、孔子研究史、鲁国史等专题研究；②《阙里丛书》等古籍的整理、校点、注释工作；③搜集、整理、编辑孔子研究资料和信息；④编辑《齐鲁学刊》“孔孟学研究”专栏。 自1980年到1992年，该所先后发起召开过6次省和全国性的孔子学术讨论会，每次参加会议的专家学者都在百人以上。从1983年起，孔子研究所在校刊《齐鲁学刊》开辟“孔孟学研究”专栏，至1992年底共刊出55期，发表论文232篇。从1979年到1990年底，该所研究人员共发表学术论文411篇，出版专著44部。其中11篇获省级优秀论文奖，4部获省级优秀著作奖。

孔子研究所先后接待了新加坡、日本、法国、荷兰、挪威、瑞典、苏联、美国、加拿大、联邦德国、韩国、新西兰、黎巴嫩、澳大利亚、西班牙、阿根廷、香港等几十个国家和地区的专家学者，并多次为外国留学生和修学团讲课。

该所现有专职研究工作人员17人，其中教授2人，副教授4人，讲师7人，助教4人。还有兼职研究人员18人，其中教授3人，副教授5人，讲师4人，助教6人。所内设“孔子思想”、“儒学发展史”、“鲁国文化”、“文献情报”4个研究室。收藏专业图书2万余册，其中线装古籍2000余册，藏有《四库全书》、《四部丛刊》、《丛书集成初编》、《四部备要》等大型丛书。订有报刊杂志180余种，与之建立交流关系的单位150余家。拥有的图书资料基本能够满足研究工作的需要。