有害菌是以产气荚膜杆菌为代表的需氧菌，能够使人体致病的细菌的总称。

代表菌群：产气荚膜杆菌，绿脓杆菌

致病菌危害极大，这些致病菌就像肠道“诸侯国”中穷凶极恶的“叛乱军”，对肠道安全有潜在的危害。当天气、食物等各种原因，导致肠道内益生菌减少，免疫系统防备松懈时，致病菌就会大量繁殖，加强“火力”，四处侵占其它菌群的“领地”，消灭其它菌群，同时分泌出大量毒素，这些毒素经血液进入人体后，四处攻击人体器官正常的细胞，人体就会出现疾病。

1、排泄不顺畅，肠内囤积粪便为帮助排便，粪便的软硬程度要适中，但不健康的肠则因膳食纤维的不足，导致粪便囤积大肠，无法顺利排泄；又或者是因坏菌的繁殖引起细菌感染，而产生腹泻的发生。

2、蠕动过快或太慢肠不健康，可能会影响肠的蠕动速度过快或太慢，妨碍粪便顺利排出。粪便更会因此变太硬或太稀，最终导致便秘，肠道中过路菌群更因此加速繁殖，如此恶性循环下去。

3、产生有害物质不健康的肠道是坏菌繁殖的绝佳场所，大量的坏菌会导致氨，硫化氢及粪臭素等有害物质的产生。这些物质不但是恶臭屁的来源，更会加速肠壁的老化，产生导致癌症的物质，成为大肠癌的发病根源。

4、再次地吸收对身体有害的物质有害物质不会乖乖地待在肠内，它会随著肠的吸收而跟著血液循环全身，引起疲倦、肌肤干燥、头痛、呕吐等身体不适。会发生恶臭的物质更会经由血液，透过嘴巴或身体而散发出来，影响甚多。