木瓜溪是花莲溪最北，也是流域面积最大的支流。流经花莲县秀林乡、寿丰乡与吉安乡，为吉安乡与寿丰乡的界河。木瓜溪拥有铜文兰溪、清水溪、清流溪、龙溪（又称巴托兰溪）、凤溪（又称巴托鲁溪）、桧溪、丸田溪、天长溪与奇莱溪等支流，其中以清水溪为最主要的支流。
木瓜溪上游坡度变化大，有利于
水力发电，建有铜门水坝与
龙溪发电厂、龙涧发电厂、水濂发电厂、清水发电厂、清流发电厂、铜门发电厂、
榕树发电厂与初英发电厂等八座电厂，其中以龙涧发电厂的发电量最大。木瓜溪的水力发电排名于台湾第三，仅次于
大甲溪与
浊水溪。
山脚的
铜门村及桥南岸的
文兰村是东部太鲁阁人最南的聚落。
铜门村附近是著名的观光景点，日据时期称为“万代峡”，现俗称“小天祥”。