小型木鱼圆径仅4厘米，只在佛教法事“绕莲”（绕佛堂）时应用。经常使用的中型木鱼有五种，圆径7—16厘米。多用桑或椿木制作。在民族乐队中，备有大小不同、数量不等的成套木鱼，按五声、七声音阶或
十二平均律排列组合，常用于轻快活泼的乐曲中，有时可独奏简短的乐句，或用来模仿马蹄声的效果。木鱼还是广东地区曲艺“木鱼歌”的击节乐器。
早在明清时期，木鱼就已经用于宫廷音乐、昆曲以及民间音乐的演奏。通常大木鱼用桑木或者椿木制作，最大的面径可以达到40厘米以上，发出的声音比较雄壮。小木鱼一般用檀木或红木制作，发音较柔和。
因不入宫廷音乐，故历代正史不载。木鱼在佛教中常用以伴奏“梵吹”( 宗教歌曲)，带有浓厚的宗教色彩。明代王圻《
三才图会》载：“木鱼，刻木为鱼形，空其中，敲之有声。……今释氏之赞梵吹皆用之。”明代以来，流行于民间，用于说唱木鱼歌和昆曲伴奏。清代李斗《扬州画舫录》载，当时剧场里所用的乐器中就有木鱼。后来又逐渐在歌舞伴奏和器乐合奏中应用。木鱼除在佛教、道教音乐使用外，还广泛用于各种形式的器乐合奏和乐队中。
演奏时，大团鱼形木鱼需置于地面上，小圆鱼形木鱼则用左手托持，右手执棰头呈橄榄形的木棰敲击，发音短促，声音节奏感强，是富有特色的节奏乐器。常用于戏剧、曲艺伴奏、器乐合奏、民族乐队和宗教音乐中。木鱼在戏剧中，用于昆曲、京剧、晋剧(山西中路梆子)和藏戏等剧种的伴奏。广东音乐使用的是长鱼形木鱼，在合奏中有时要使用大小两个木鱼，大木鱼发雄壮的音，小木鱼发柔和的音。在江南丝竹、苏南吹汀、浙东吹打、河北吹歌等民间器乐合奏中，多应用小团鱼形木鱼，它常与鼓板一起配合使用，以鼓板击重拍，用小木鱼击轻拍。在十番锣鼓、福州十番、闽南十音、福建南音等器乐合奏中，小木鱼是不可缺少的乐器，除用以敲击轻拍外，还将它所发之音，视为主要音色之一。在民族乐队中，常备有大小不同、数量不等的整套团鱼形木鱼，它们按五声、七声音阶或十二平均律编排成套，多用于配合轻快活泼的曲调，有时也用以敲出简短的独奏乐句，还可用来模仿战马奔驰的音响效果。在佛教、道教音乐中，木鱼既是法器，又是离不开的节奏乐器。
团鱼形木鱼还在曲艺木鱼歌中应用。木鱼歌又称唱木鱼或木鱼书，是节奏自由的吟诵体说唱，过去多由家庭妇女用广州方言表演，唱时不用吹、拉、弹等乐器伴奏，只用木鱼击之以为节拍。这种
民间说唱形式始于明代，广泛流传于广东省广州、南海、番禺、顺德等地。木鱼歌的唱腔后被粤剧吸收为唱腔的—种。长篇曲目有《花笺记》，《荷花史》等，短篇曲目有《琵琶上路》、《楼台会》等。