组成蛋白质基本结构的多肽链两端，原则上是一端有一个氨基末端残基，另一端带有一个羧基末端残基。前者是将α氨基保持游离状态的氨基酸残基，后者是将α羧基保持游离状态的氨基酸残基。

采用1-氟-2，4-二硝基苯的桑格（F．Sanger）的DNP法（DNPmethod），在历史上是很著名的。该法可作为鉴定或定量分析位于氨基末端的氨基酸残基的方法。也广泛采用将DNP法超微量化的dansyl法（用5-二甲氨基萘磺酰氯）。Edman降解法是从氨基末端开始测定氨基酸排列顺序的有效分析法。还可采用氨肽酶降解进行氨基末端分析。

真核细胞内80%可溶蛋白由于翻译后修饰的结果，其N末端NH2基都被封闭，因而难以进行Edman降解；另外，微量蛋白的分离过程也可能导致氨基酸末端的人为封闭。因此，氨基酸序列的分析，只有在去除这些基团之后，或将该蛋白从内部切断，然后对从产生的混合物分离得到的各个肽段进行测序才能得到。除此之外，对降解蛋白各个肽段的测序结果，能对该蛋白有更精确的鉴定。从而为随后的分子克隆方案提供更多可能的选择，而且，某些蛋白序列数据，对于说明DNA顺序数据，确定蛋白质的修饰位点（酰化、甲基化、糖基化、磷酰化以及信号肽或前序列的切割位点等），以及对于蛋白质晶体结构的解释是很必要的。一般可以通过以下的方法分离制备蛋白质并得到蛋白质序列的信息：①化学降解或酶降解后纯化蛋白；②从混合物中分离所产生的内部切割的肽段；③分析鉴定所得到各个肽段。