朱育和教授治学强调历史的现实性和现实的历史性，强调过去现在未来的统一，认为历史研究应把重点放在对民族、对国家有重大关系和影响的关键问题上；认为历史并非线性的简单发展，而是极其复杂的，因此不能简单化地对待历史，而必须从基本文献史料的清理入手，力求使史学研究工作建立在更为坚实的文献史料基础之上。同时，历史研究又不是简单的文献史料的堆积，因此应该加强史学理论修养，尽可能多地吸收国内国际学术界的老传统和新成果，使自己的研究工作具有更强的解释力和说服力。朱教授以此为指导，先后发表了《毛泽东对外开放理论与实践研究》、《邓小平对毛泽东对外开放理论的继承与发展》、《从工农共和国到人民共和国——毛泽东建国思想的演变》、《“台湾问题”与日本：历史的评说》、《环境问题与历史研究》等现实感极强的论文和《毛泽东与二十世纪中国》、《封闭与开放》、《民族复兴与中国共产党》等专著，并先后主编了《
赴法勤工俭学运动史料》（与刘桂生教授合作）、《戊戊变法文献资料系日》、《
当代中国意识形态情态录》等基本文献史料。