主要从事
理论物理与
天体物理研究，其研究兴趣主要是“天体固体物理学”（solid state astrophysics），包括星际介质、彗星、恒星及行星系统的形成、恒星演化、星系红外辐射等。自1995年以来，李爱根在Nature (影响因子31.43)、The Astrophysical Journal (影响因子6.41)、Monthly Notices of the Royal Astronomical Society (影响因子5.19)、Astronomy & Astrophysics (影响因子4.15) 等天文顶级SCI杂志发表论文80多篇(其中第一作者论文20多篇),已被引用3000多次(其中单篇引用最高为358次，有7篇单篇引用超过100次)。据不完全统计，已有12项工作被写入20种教科书和专著。