2005年7月16日，伊拉克特别法庭主审法官拉伊德·朱希宣布即将审判萨达姆，并表示针对萨达姆·侯赛因的第一项正式指控是，萨达姆·侯赛因涉嫌在1982年针对他的一次暗杀未遂事件后杀害了位于巴格达以北60多公里处的杜贾尔村的143名什叶派穆斯林居民。7月28日，特别法庭就该项指控举行了预审听证会。萨达姆·侯赛因在两家约旦报纸8月21日刊出的一封信中指出，他会为了阿拉伯大业牺牲自己。他在透过国际红十字会转交一名约旦友人的这封信中说：“我的灵魂和我的存在将为我们弥足珍贵的巴勒斯坦和我们挚爱、坚忍而受苦受难的伊拉克牺牲。

2005年7月16日，伊拉克特别法庭主审法官拉伊德·朱希宣布即将审判萨达姆，并表示针对萨达姆·侯赛因的第一项正式指控是，萨达姆·侯赛因涉嫌在1982年针对他的一次未遂暗杀事件后杀害了位于巴格达以北60多公里处的杜贾尔村的143名什叶派穆斯林居民。7月28日，特别法庭就该项指控举行了预审听证会。萨达姆·侯赛因在两家约旦报纸8月21日刊出的一封信中指出，他会为了阿拉伯大业牺牲自己。他在透过国际红十字会转交一名约旦友人的这封信中说：“我的灵魂和我的存在将为我们弥足珍贵的巴勒斯坦和我们挚爱、坚忍而受苦受难的伊拉克牺牲。”8月23日，萨达姆·侯赛因证实除了一位伊拉克律师杜莱米之外他已解雇了整个国际律师辩护团。8月28日，伊拉克总统贾拉勒·塔拉巴尼表示，如果萨达姆·侯赛因被判死刑，他不会在萨达姆·侯赛因的死刑执行令上签字，塔拉巴尼在两周前签署了自萨达姆·侯赛因政权倒台之后的首份死刑执行令，而有更多的死刑执行令尚未签署。一旦杜贾尔村屠杀案的指控得以成立的话，萨达姆·侯赛因将有可能面临死刑判决。伊拉克过渡政府发言人库贝于9月4日证实对萨达姆·侯赛因就杜贾尔村屠杀什叶派居民一案的第一次审判将从10月19日开始，而10月15日将就新宪法举行全民公决。与萨达姆·侯赛因一起受审的还有七名前政权高官。9月6日来自伊拉克临时政府的消息，审讯萨达姆·侯赛因获得重要证据，并且萨达姆·侯赛因已经在证词上签字，包括像“亲自下达处决令”发动1987年至1988年的安法尔战役这样的口供，但萨达姆·侯赛因坚称自己的行为在他的统治期间合法。10月18日，英国《泰晤士报》报道，参加审判伊拉克前领导人萨达姆·侯赛因一案的有关法官近几个月在英国接受了秘密培训。

审判于10月19日当地时间午后不久正式开始。法庭是前复兴社会党全国指挥部内的一个房间。伊拉克特别法庭以反人类罪正式对萨达姆进行审判。萨达姆拒绝说明身份，并拒绝承认有罪。萨达姆反问法庭的合法性：“你们是谁？这个法庭想怎样？”“我仍保有身为伊拉克总统的宪法权利,我不承认授权你们的组织…以不公正为基础的就是不正当…我不会回答这个所谓的法庭及其所有相关人士的问题。”法庭宣布对前总统萨达姆的审判已经结束，将休庭至11月28日再次开始。伊拉克特别法庭审判长阿明表示，推迟对伊前总统萨达姆审判的主要原因是许多证人由于过于害怕不愿出庭作证。伊拉克警方10月20日称，一名萨达姆及7名前政权高官辩护律师团成员萨阿敦·萨吉尔·贾纳比在巴格达办公室中被武装人员绑架。伊拉克律师协会一名官员10月21日说，遭绑架的萨达姆案辩护律师贾纳比已被杀害，警方已经找到了他的尸体。英国《星期日快报》10月23日报道，负责审讯萨达姆的5名法官和主要检举律师已与美英政府达成一项“台下交易”：一旦审萨工作完成，他们与其家人将被获准移民美英两国重新开始“新生”。11月8日，辩护律师团的又一名律师在巴格达乘坐的汽车里被枪手开枪打死。同车的另一名律师中弹受伤。死亡的律师名叫祖拜迪，他负责替前副总统拉马丹辩护。

法庭在巴格达重新开庭，萨达姆向法官发难，谴责法庭对他的“非人待遇”。辩护律师杜莱米对审判萨达姆的特别法庭的合法性提出质疑，但首席法官坚持继续进行审判程序。辩护律师们走出法庭表示抗议，审判不得不再次休庭。一个多小时以后，律师们重新返回法庭，审判恢复。第一位证人艾哈迈德·哈桑·默罕默德也在法庭上露面，他描述了杜杰勒大屠杀的情况。一位女证人在幕后作证，出于安全考虑，她的声音经过处理。后来因技术原因，法庭下令暂时休庭。这时，萨达姆大喊“我再不到这个没有公正的法庭来啦，你们都给我见鬼去吧”。由于萨达姆拒绝出庭接受审判，审讯曾经中断几个小时。后来，法庭在萨达姆缺席的情况之下继续进行审判。 1萨达姆在审判他的巴格达法庭上指称，美国人殴打和折磨他。美国白宫发言人严词否认萨达姆的这一说法。负责审讯的雷德法官表示，萨达姆声称曾被虐待的指称没有证据。

2006年1月15日，伊拉克高等法庭发表声明，证实主审法官阿明由于“个人原因”提出辞呈。1月23日，审讯萨达姆的特别法庭发言人表示，法庭决定任命拉乌夫·阿卜杜勒-拉赫曼为主审法官。1月29日，萨达姆案复审后不久，萨达姆辩护团、萨达姆本人以及其他几名被告便离庭抗议特别法庭的程序问题。2月1日，伊拉克高等法庭对萨达姆的审判再次开始，但萨达姆本人及其聘请的辩护律师团没有出席庭审。2月13日，萨达姆出庭再受审，高呼打倒布什口号。2月14日， 萨达姆在法庭上宣称，为抗议主审法官以及其上司开展的“不公正审判”，自己同其他三名被告开始“绝食”。 2月27日，萨达姆的首席辩护律师杜拉米透露，由于健康原因，萨达姆已于一周前停止了坚持11天的绝食斗争。

萨达姆在法庭上承认，杜贾尔村事件后，他亲自下令对村民进行报复。萨达姆首次出庭直接作证，他称对自己的审判是一场“闹剧”。萨达姆出庭受审时猛烈抨击伊拉克内政部杀害了数千名伊拉克人，并要求由国际机构对检察官出示的有关文件上他的签名进行鉴定。萨达姆及7名同案被告再次出庭受审。法官宣读了一份刑事专家的报告，称当初与杜贾尔村村民被判死刑的有关文件上的萨达姆签名是真实的。 萨达姆的辩护律师说，这些鉴定专家是内政部成员，“由于他们和内政部的关系，他们无法做到独立”。他要求法庭指定其他专家重新对签名进行鉴定。萨达姆的辩护律师庭审中指控控方证人海德里作伪证，要求法庭对所有控方证人证词的可靠性进行调查。

萨达姆的主要辩护律师之一哈米斯·奥贝迪遭武装分子绑架后被杀害。萨达姆和其他7名被告开始绝食，以抗议奥贝迪被枪杀。驻伊美军说，萨达姆已经结束绝食活动。萨达姆和他的律师再次拒绝出席庭审，以此对奥贝迪遇害表示抗议。萨达姆因绝食多日被送入医院治疗。萨达姆出现在庭审现场，他称自己是被强行带到法庭的。他还表示，如果被判死刑，希望被枪决，而不是绞死。

伊拉克高等法庭宣布对杜贾尔村案的判决结果，萨达姆被判绞刑，罪名是谋杀和反人类罪。

1982年7月8日，伊拉克前总统萨达姆前往巴格达以北约90公里的杜贾尔村，拜会当地的部族长老。那里是什叶派达瓦党的大本营，他们当时经常在伊拉克境内制造袭击事件，给萨达姆政权制造混乱，暗中策应当时正和伊拉克交战的伊朗。 当萨达姆的车队驶进杜贾尔村时，埋伏在枣椰林中的达瓦党枪手向车队开火。萨达姆的保镖随后进行还击，激烈的枪战持续了数小时之久。伊拉克军队最后出动了武装直升机和步兵团将萨达姆救出战场。死里逃生的萨达姆当时曾表示，自己不会对这次暗杀行动进行报复。但是，按照这次起诉萨达姆的检控方的说法，大规模的报复行动很快展开。伊拉克秘密警察包围了整座村庄，将所有房屋夷为平地，并且残忍地杀害了143名村民。其他1500名村民都被投进监狱，其中许多人受到拷打折磨，最后悲惨死去。