基因敲除分为完全基因敲除和条件型基因敲除（又称不完全基因敲除）两种。

对于许多有重要生理功能的基因来说，完全基因敲除往往导致胚胎死亡，有关该基因功能的研究便无法开展。而条件型基因敲除，特别是应用Cre/LoxP和FLP/FRT系统所开展的组织特异性敲除，由于其可调节性而受到科学家的重视。构建条件型基因敲除打靶载体时，常将正向选择标记neor置于靶基因的内含子中，并在靶基因重要功能域两侧内含子中插入方向相同的LoxP位点。当实验中需要消除靶基因活性时，与带有Cre重组酶基因的ES细胞杂交，Cre重组酶就能把两个LoxP位点中间的DNA片段切除，导致靶基因失活。标记基因两侧也常常带有LoxP序列，因为许多时候即使标记基因位于内含子中也会阻断靶基因的转录。一旦出现这种情况，可以用Cre重组酶表达质粒转染中靶ES细胞，通过LoxP位点重组将neo抗性基因删除。

以Cre/LoxP系统为基础，可以在动物的一定发育阶段和一定组织细胞中实现对特定基因进行遗传修饰。利用控制Cre表达的启动子活性或所表达的Cre酶活性具有可诱导性的特征，人们常常通过设定诱导时间的方法对动物基因突变的时空特异性进行人为控制，以避免出现死胎或动物出生后不久即死亡的现象。