初任右侍上士,后历任车骑大将军、仪同三司、安州总管长史等职。在迎接陈朝降将
李瑗时,与陈将
周法尚相遇,两军交战,杨文纪击退周法尚军,以功进为开府,升虞部下大夫。
杨坚任丞相,杨文纪为汾阴县公,曾随
梁睿讨伐过王谦叛乱,授上大将军。后任资州(今四川资中)刺史,宗正少卿。不久坐事除名免官。几年后恢复了爵位,拜为熊州(今河南宜阳县西)刺史、改封上明郡公,由于杨素在朝日渐贵宠,杨文纪由此官位高升,先后升为宗正卿兼给事黄门侍郎,行礼部尚书事。
仁寿二年(602),迁为荆州(今湖北江陵)总管。仁寿三年五月二十二日(603年7月6日),卒官,时年五十八。谥曰恭。