1983年杨泳沂奉命调任江苏省副省长，主要分管科技、教育、卫生、体育、文化、广播、出版等工作。在全国率先提出对普通教育实行分级办学与分级管理的办法，增加了对教育经费的投入，促进了全省普教事业的发展，他根据高教改革和发展的需求，提出了若干扩大高校办学自主权的有效措施，极大地调动了各高校的办学积极性。
1988年他带领有关人员深入市县调查农村卫生工作情况，对县级卫生机构的改革和建设、乡镇卫生院的管理和搞活、农村医疗保健制度的建立和发展等提出了明确的目标和具体需求，推动了农村卫生事业的发展。
1991年至1993年，杨泳沂受江苏省委、省政府的派遣，率领73名江苏干部到陕南山区开展对口扶贫工作。他深入陕南秦巴山区4个地区(市)、31个县(市)，行程62000多公里，充分听取当地干部群众和赴陕干部的意见，提出了做好三项工作，研究两个问题，遵循一条路线的工作思路，得到了中央有关领导同志和苏陕两省主要领导的赞赏，中央有关部门充分肯定并推广了他们的经验和做法。他作风民主，工作深入，
密切联系群众，时时严格要求自己，受到当地干部群众的高度赞扬。
1994年7月，杨泳沂调任
国务院扶贫开发领导小组办公室副主任，后兼任
中国扶贫基金会副会长。1996年3月任
国务院扶贫开发领导小组副组长。他为尽快解决贫困地区人民群众的温饱问题，如期实现《国家八七扶贫攻坚计划》的目标，不辞辛劳，呕心沥血，做了大量卓有成效的工作。他注意调查研究，先后深入到一百多个贫困县访贫问苦，与当地干部群众共商扶贫、脱贫大计，提出了很多有价值的观点和建议，对在全国各贫困地区推广这些经验和做法起到了促进作用，为探索扶贫工作新途径、实现全国扶贫攻坚由区域性开发向到村到户的转变做了突出贡献。