杭州市农业科学研究院（Hangzhou Academy of Agricultural Sciences）成立于2004年3月，是根据市委、市政府整合农业科技资源的要求，撤销原4个农口研究所，重新组建的综合性农业科研、推广机构，为市政府直属事业单位。
杭州市农业科学研究院核定编制180人，现有职工中科技人员比例达到72%。全院下设水产所、蔬菜所、茶叶所、农作物（生态）所、生物技术所、园艺所、畜牧所、农产品加工所8个研究所、信息中心、实验中心2个中心、党政办、科技处、综合处3个管理处室和国家级三角鲂原种场。其主要职能是：承担农业开发性、应用性研究和开展农业先进适用技术的引进、示范和推广任务。
市农科院始终坚持开门办院、科研与推广并举的办院方针，强化农业科技创新平台建设，提高科技创新能力，围绕杭州都市农业和新农村建设，大力实施技术攻关、科技推广、成果产业化、科技服务和种子种苗五大科技行动，着力打造杭州农业科技龙头。建院以来，承担国家科技支撑计划项目，
国家自然科学基金项目，省、市重大科技项目以及其它科技类项目217项，有111个项目通过市级以上鉴定或验收；在植物耐盐基因挖掘应用、农作物新品种选育、钱塘江土著鱼开发、农业生态环境修复和保护、农产品质量安全生产等方面取得成果。5年来，获得各类成果奖励40项，申请专利发明10项，专利授权2项，软件著作权10个，在学术刊物上发表论文374篇，其中SCI 5篇。积极开展农业科研成果的推广应用，每年组织10个新品种和10项新技术推广，累计推广91.6万亩次；在优势农业产业带和都市农业示范园区建立科技示范点25个，示范面积7.88万亩次；五年培训农民31868人次，有效地促进了农业增效、农民增收。
建院以来，先后被命名为杭州市文明单位、浙江省文明单位，2007-2008年连续两年被评为杭州市非综合考评先进单位，同时还获得了“杭州市十佳科研院所”、“杭州市社会治安综合治理先进单位”等一批荣誉称号。