杭州市畜牧兽医局是负责全市重大动物疫病防控、动物和动物产品检疫、动物卫生监督执法和畜产品安全监管等公共管理的副局级事业单位。

杭州市畜牧兽医局为市编委批准的副局级事业单位，同时挂杭州市动物卫生监督所牌子，2008年8月正式挂牌运作。杭州市畜牧兽医局核定事业编制82名，内设机构6个，现实有在编人员65名，聘用人员50名。根据《中华人民共和国动物防疫法》等法律法规的规定和市编委文件，市畜牧兽医局主要负责全市重大动物疫病的防控、动物和动物产品的检疫、动物卫生监督执法和畜产品安全监管等公共管理职能，承担的职能事关公共卫生安全、人民群众身体健康和社会稳定。

杭州市畜牧兽医局占地15亩，建有4366m2的五层办公大楼，集办公、培训和实验室为一体。建有动物疫病诊断监测和畜产品质量安全监测两个先进实验室，仪器设备投资达1000余万元。还建有1100m2室外运动场。绿化面积占70%，环境优雅，景色怡人。

杭州市畜牧兽医局的主要职责是：依法实施动物防疫和防疫监督及动物和动物产品的检疫；负责重大动物疫病防疫物资储备和调拨；负责兽医生物实验室安全管理和全市兽医工作的具体业务指导等。

杭州市畜牧兽医局内设综合处、动物防疫处、动物卫生管理处、动物卫生稽查处、畜产品安全监管处、检疫监管处等6个机构。总站党总支下设三个党支部（2个在职支部、1个退休支部），共有党员34名（其中退休党员6名）。杭州城区的东、南、西、北共建有五个报验备案分站。

综合处：负责协调局内各处室工作，承担局文秘、财务、基建、档案、保密、信访和后勤工作；负责局党建工作；负责局组织人事、劳动工资、离退休管理等工作；负责局宣传和信息化建设工作。以及：负责科教工作；负责结对帮扶工作；负责文明单位、满意基层站所等综合性创建工作；负责全市动物卫生监督派出机构、动物疫病预防控制和畜产品安全监测中心建设的指导；承办上级交办的其它事项。

动物防疫处：承担全市动物疫病的监测、检测、诊断、流行病学调查、疫情报告等工作；承担全市动物防疫工作的指导、监督和动物防疫队伍的技术培训；承担市本级动物防疫应急物资的储备与调拨工作；负责全市兽医实验室安全管理和全市兽医工作的具体业务指导。以及：承担省下放的动物隔离场所、动物和动物产品无害化处理场所的动物防疫条件现场审核；承办上级交办的其它事项。

动物卫生管理处：参与动物防疫和卫生监督有关规章、政策的草拟和修订；负责动物卫生监督执法案件的法制审查；负责全市动物防疫场所防疫条件的监督检查；负责全市动物卫生监督执法人员的管理和培训。以及：负责依法行政责任制具体工作；承担动物诊疗许可的现场审核；承担全市官方兽医登记、执业兽医考试、乡村兽医登记管理工作；承办上级交办的其它事项。

动物卫生稽查处：负责动物防疫执法检查和动物诊疗机构的监督检查，负责相关违法案件的立案查处，受理和处理有关投诉、举报；承办受市农业局委托的有关行政执法工作。以及：负责动物诊疗机构的监督管理；承担兽药生产、经营环节的监督管理；协助市农业局做好病死动物无害化处理监管工作；承办上级交办的其它事项。

畜产品安全监管处：承担全市动物及动物产品药物残留和畜产品及畜牧投入品质量安全监测；负责全市畜产品安全管理及监测实验室的业务指导。以及：承担省下放的生物制品经营许可、新兽药临床试验许可、兽药广告批准文号核发的现场审核；承担上城区和下城区的兽药经营许可现场审核；承办上级交办的其它事项。

检疫监管处（杭州市外来动物报验中心）：负责市本级动物检疫工作，发放和管理全市动物检疫标志；负责全市动物检疫员的业务培训和业务指导；负责市区外来动物及动物产品登记备案和报验监管，牵头组织外来动物及动物产品的产地风险评估和调运检疫监管。 承办上级交办的其它事项。