杭州市食品药品检验研究院是杭州市食品药品监督管理局所属的专业食品药品检验监测机构，是国家食品药品监督保证体系的重要组成部分，是承担国家对药品实施技术监督任务的法定机构，执行食品药品监督管理部门交办的食品药品监督检验任务。

1960年11月，杭州市卫生医药检验所成立（市委发文（60）453号）；

1964年1月更名为杭州市卫生局药品检验所；

1982年8月更名为杭州市药品检验所。

2000年11月，根据杭编（2000）80号文件“关于调整市药品监督管理职能的通知”，成建制划入杭州市药品监督管理局；

2005年6月加挂“杭州市医疗器械检验所”牌子（杭政办函[2005]135号）；

2006年9月加挂“杭州市药品与医疗器械不良反应监测中心”牌子（杭编[2006]138号）。

1992年11月首次通过浙江省技术监督部门计量认证考核，2010年3月首次获得国家实验室认可证书；

2012年5月首次获得食品检验机构资质认定证书。

2012年被杭州市质量技术监督局列为“A”类（诚信守法文明服务）机构。

2013年4月经杭州市机构编制委员会批准（杭编[2013]74号），杭州市药品检验所（杭州市医疗器械检验所、杭州市药品与医疗器械不良反应监测中心）更名为杭州市食品药品检验研究院（杭州市医疗器械检验研究院、杭州市药品与医疗器械不良反应监测中心），核定编制63人。

受委托，承担药品、食品、医疗器械、保健食品、化妆品的检验检测和相关研究工作；承担本市行政区域内药品不良反应和医疗器械不良事件监测报告的收集、评价、反馈、上报及其他有关工作。

市食药检院隶属杭州市食品药品监督管理局，为全额补助事业单位，是独立运作的法人主体；全院设有办公室、业务科、质量管理科、药械不良反应监测室四个职能科室及化学药品室（化妆品室）、中药室、生物测定室（医疗器械室）、食品保健食品室四个检验检测科室。