杭州棋院的前身系杭州市棋室，1986年，在
杭州市委、市政府和各有关部门的关心支持下，杭州棋院正式成立，坐落于湖滨路23号，成为
浙江省内首家
棋院。2000年棋院迁址玉古路166号办公。
中国棋院杭州分院是杭州市委宣传部所属相当副局级事业单位。内设3个部门，下辖杭州市围棋队、
杭州围棋学校两个事业单位，人员编制共80人。随着围棋事业的蓬勃发展，中国棋院杭州分院将紧密围绕“一校、二馆、三中心”，建好、管好、用好棋院大楼，在杭州这一围棋热土上进一步发展壮大，为杭州建设历史文化名城添上新的亮点。
多年来，棋院担负着
杭州市三棋运动青少年棋手的选拔、培养、输送工作。坚持不懈地培养青少年运动员，为国家培养和输送了一批专业棋手。棋院还多次成功承办了
NEC杯围棋赛、中日天元围棋赛等各项国内外重大比赛，组团出访了美、日、韩、欧洲、港澳等地，为宣传杭州、提高杭州棋院的知名度，促进杭州市乃至浙江省、全国的竞技体育、棋类事业的发展，起到了积极作用。 近年来，棋院各项工作稳步向前。2005年中国棋院同意在杭设立中国棋院杭州分院，这也是中国棋院在国内的分院。2007年，经过5年建设，杭州体育界投资最大的项目，总建筑面积5.6万平方米的棋院新大楼矗立在了
钱江新城。6月，棋院正式迁入新大楼，棋院各项工作迈上新台阶。