林朝曦于明朝嘉靖三十八年（1559年）与潮州张琏，大埔的肖晚、罗袍，小靖的张公祜、赖赐、白兔、李东津等分别起义、各据一方。他们用“龙飞”作为王号，聚众十万，攻打福建的汀州（今长汀县）、漳州（今漳州市），再进攻福建的连城（今连城县）及江西的宁都（今宁都县）、瑞金，攻陷福建的云霄、海卫和南靖等各个城镇。福建、广东、江西震动。福建巡抚游震指挥王豪带领三卫军，与福州通判彭登瀛带领乡兵会同进剿，均遭惨败。
嘉靖四十年（1561年），
广东巡抚张臬平、江伯、陈圭调集三省官兵7.6万人，以都督刘显为总兵，王宠为参将，俞大猷，张坤秀为统领，“进剿”起义军。起义军在林朝曦、张琏等的指挥下英勇作战。但因官兵人多势众，张琏的营寨被焚，肖晚、罗袍被杀，张琏等只得逃走。次年六月，张琏部郭玉镜降明，义军6000人被杀，1.5万人被俘，张公祜、赖赐、白兔、叶槐、李文彪、余大春等先后被捕牺牲。
张琏部被攻破时，林朝曦的队伍仍据守营垒，奋力作战，终因兵力单薄，只得撤退，回到程乡。嘉靖四十年农历五月，林朝曦与梁宁、陈绍禄等人再次举事，进攻江西、福建，林朝曦、梁宁带领4000人由邵武（今福建省邵武市）到江西省万安，进攻泰和，杀巡检刘茂、副使汪一中、佥事王应时。后再进攻抚州，被明军打败。梁宁逃至许湾后，因明朝大军到来，终于在梅子畲服毒自杀。
嘉靖四十一年（1562年）农历五月，林朝曦、陈绍禄又与江西抚州的起义军黄子云、徐东洲由延平进攻建安，县丞文明用大炮轰击，林朝曦改由海路进军温州（今浙江省温州市）处州，攻占庆源、龙泉两县，并夺得金银万两，作为军饷和赈济灾民。后来再次回到程乡，夜晚在梅城南门摇旗呐喊，震动全城。知县徐甫宰严兵防守，并派遣主簿梁维栋到林朝曦队伍中进行离间活动。林朝曦见势态不妙，只得弃营逃走。