染色质免疫沉淀（
英语：Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）被用来研究
细胞内
DNA与
蛋白质相互作用，具体来说就是确定特定蛋白（如
转录因子）是否结合特定
基因组区域（如
启动子或其它
DNA结合位点）——可能定义
顺反组。
ChIP还被用来确定基因组上与
组蛋白修饰相关的特定位点（即组蛋白修饰酶的靶标）。 此方法的简要过程是：细胞裂解液里的蛋白和相关染色质暂时结合；染色质(DNA)-蛋白复合物被剪切，与所研究蛋白相关的DNA片断被选择性免疫沉淀；相关DNA片断被纯化，顺序被测定。一般认为这些DNA顺序在活体内与所研究蛋白结合。