《.hack//根源》（.hack//Roots）是《
.hack》系列动画的第二期，由
BEE TRAIN担任制作。该作于2006年4月5日至9月27日期间在
东京电视台首播。全26话。
但是与同学口中听说的世界不同，整个游戏此时到处充斥着任意PK的气氛，刚进入游戏的长谷雄便惨遭野外PK被杀，而复活他的是一位名为“Ovan”的玩家，公会《黄昏之旅团》的会长。在游戏中也颇为有名的Ovan在离开之前留下了一句“你非常有资质”的话，而与Ovan接触了的长谷雄也被游戏中的各方势力认为可能持有某种特殊的力量，对他的关注也日愈增加。而极度讨厌他人视线的长谷雄便独自一人前往野外练级，却又一次遭遇无端PK，危急时刻帮助他的，便是他生命中极为重要的女人“志乃”，身为“黄昏之旅团”副会长的她自称是前来将长谷雄带回了“黄昏之旅团”的，而此刻还在犹豫是否要加入知名公会“TaN”的长谷雄，在经历了一番曲折之后终于决定加入“黄昏之旅团”，而他的故事也正式开始。