根际微生态系统，是指植物根系周围土壤微域各个因子相互作用的整体系统。随着根际研究技术的进展，根际研究已不再局限于某一单个因子，而是将根际作为一个整体。

从微观及宏观角度，即从细胞、分子、组织、个体、整体，甚至生态、进化水平。研究根土界面微域与土壤-植物-微生物及其环境因素相互作用的规律，探讨根际微域物质循环、能量转化和调控，并将这些研究内容与全球重大生态环境及粮食安全联系起来，以发挥根际微生态系统的重要职能。