桂林医学院基础医学院，是桂林医学院二级学院，始建于1957年，前身是医学基础部，2001年1月更名为基础医学院。

目前拥有博士81人，正高职称22人。引进丹麦、捷克、日本等海外高层次人才数人，其中1人为丹麦青年科学家获得者，1人入选广西第一期港澳台英才入桂计划（医学口唯一），1人入选广西高校“百人计划”，3人121层次人才。

基础医学是我校优势及重点学科，由人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、免疫学、病理学与病理生理学、分子医学五个二级学科组成，2006年获桂林医学院第一个硕士学位授予权（病理学与病理生理学），2011年获硕士学位一级学科授予权，2014年获博士学位授权建设单位，2015年与中南大学联合培养博士生。目前组织学与胚胎学为国家级精品课程，病理学与病理生理学、免疫学为广西高校重点学科。

桂林医学院基础医学院设人体解剖学等八个教研室、基础医学实验教学中心及基础医学研究所，中心下设形态学实验室、机能学实验室、病原生物学实验室、免疫学实验室和物理学实验室，学院设办公室和教学科研管理科两个职能部门。

学院基础医学学科为一级学科硕士学位授权点，基础医学实验教学中心和形态学实验室为省级实验教学示范中心；糖尿病系统医学实验室为广西重点实验室；病理学与病理生理学、免疫学为广西高校重点学科；人体解剖学、组织学与胚胎学为省级精品课程。

近三年来获得国家基金项目30项，省部级各类项目50余项，省级教学成果9项，科技成果奖9项，以桂林医学院第一单位发表科研论文150余篇，SCI论文110余篇，各类发明专利30余项。