东晋末年，宗室司马道子专权。隆安二年(398年)，镇守京口的王恭和荆州刺史殷仲堪及桓温之子桓玄等人相继起兵反抗。

事后，长江中游地区为桓玄所割据，下游的京口和江北地区为北府将领刘牢之控制。东晋朝廷实际控制的区域，只剩下江南一隅，百姓赋税和兵役沉重，终引发了孙恩、卢循起事。元兴元年(402年)，割据江荆的桓玄利用孙恩起事的机会，攻下建康。次年，自立为帝，改国号为楚。不久，北府将领刘裕赶走桓玄，恢复了晋安帝的皇位，乱事遂平。