棉苗炭疽病是由棉炭疽病菌引起的、发生在棉花的一种病害。该病除侵染棉花幼苗外，还能侵害茎、子叶、叶片及后期棉铃。

棉炭疽病菌属半知菌类，属子囊菌纲，球壳目。有性世代棉炭疽病菌（学名：Glomerella gossypii (Southworth) Edg.）很少见到；通常以无性世代棉炭疽病菌（学名：Colletotrichum gossypii Southw.）为害棉苗、棉铃及茎叶，引起苗枯、烂铃及叶斑。在中国，棉炭疽病菌有两种，一是无性世代棉炭疽病菌，一种是印度炭疽病菌（学名：Colletotrichum indicum Dast）。

棉炭疽病菌无性世代分生孢子着生在分生孢子梗上，排列成浅盆状。分生孢子盘的周围生有刚毛，暗褐色，长100-150微米，上端尖而透明，基部黄褐色，刚毛有2-5个分隔。分生孢子梗很短，透明，长短为12（-28）微米×5微米。构成分生孢子盘的孢子梗上连续生成大量分生孢子。分生孢子无色，单胞，长椭圆形或短棒形，或一端略尖，大小9（-26）微米×3.5（-7）微米，多数聚生呈粉红色。分生孢子萌发时常在孢子中部产生1-2个隔膜，每隔生出一个芽管。在芽管顶端产生附着器生侵入丝以入侵植株。

分生孢子发芽的适温为25-30℃，35℃以上或者15℃以下发芽少，10℃时不萌发。潜存在种子内的病菌能耐较高的温度。55-60℃的温水浸泡棉籽30分钟，能杀死种子内外大部分病菌，但不能完全消灭。据中国江苏调查，种子表面带菌为12-14%，内部带菌为01-3.8%病菌的存活力因潜居的处所不同而异。在种子表面的约能存活9个月，种子内部则可存活12-18个月，故种植贮藏1-2年的棉籽可以减少棉苗炭疽病为害。除种子外，病菌在病残体及土壤中也能存活。在病株残体上能存活12-15个月；在土壤表面可存活12个月左右，在土表下经5个月死亡。中国北部棉区有的地方1-10厘米的土层中都有分布，而以1-5厘米间为多。

棉籽萌动时，棉炭疽病菌即行侵害，常使棉籽在土中呈水渍状腐烂，不能出土而死亡；或幼苗出土后，在茎基部或稍偏上部产生紫红至紫褐色条纹，后扩大成梭形病斑，稍凹陷，严重时失水纵裂，幼苗萎倒死亡。潮湿时，病斑上产生桔红色粘物质（分生孢子）。子叶受害时多在叶缘生半圆形褐色病斑，边缘深红褐色，严重时枯死早落。成株期棉叶及茎部发病并不常见，受害后，叶部病斑呈不整圆形，易干枯开裂。茎部被害呈红褐色至暗黑色圆或长形病斑，中央凹陷，表皮常破裂露出木质部，病株遇风易折断。

棉苗炭疽病主要是种子传染，病菌主要以分生孢子在棉籽短绒上越冬，仅少部分以菌丝体潜伏于棉籽种皮内部或子叶夹缝中越冬。一般棉籽带菌率30-80%。种子萌发时，病菌即开始侵染为害，条件适宜时在病息部形成大量分生孢子，通过风、雨、昆虫及灌溉水等传播，可造成再次侵染。病菌还可随病残体落入田间使土壤带菌，风雨飞溅，铃期又行侵染棉铃，使棉籽带菌，成为来年的侵染来源之一。此外，带菌棉籽还能通过乳花机将病菌传染到无病棉籽上，扩散传播。

棉苗炭疽病的发生受气象因子的影响很大，尤其温度与湿度是决定病害流行与杏的重要因素。湿度是病菌孢子发芽入侵不可缺少的条件。土壤水分过多，相对湿度在85%以上时，炭疽病就会加剧为害，湿度低于70%时，则不利于发病。而温湿度常密切相关，在连续阴雨的情况下，往往导致温度下降，不利棉苗生长，易于诱致病害流行。如中国长江流域棉区，苗期正值低温多雨，故棉苗炭疽病发生严重，在几种苗病中占绝对优势。中国北方棉区冬、春雨水少，干燥，病菌容易越冬，同时播种时往往春灌或趁雨后抢墒播种，且通常播种均在土温达14℃左右时开始，温湿度都适合病菌侵害，因此有的地区如晋中棉田棉苗炭疽病也往往较重。但由于菌源的多少不同，棉田的土温墒情也有差异，故各地区、各年份发病也有不同。一般中国北方棉区均较南方发病轻。

除气象因素外，苗龄与发病也有关。一般在棉苗出士后15天内是死苗高峰期。棉苗长出真叶后，随着茎组织木栓化，死苗即显著减少。裁培管理条件也是影响病害发生的一个因素。种子质量差，播种过早、过深，多年连作等，均不利于棉苗生长，而有利于病菌活动，从而使病害加重。

棉苗炭疽病主要由种子传染，故选用质量好的无病种子或用隔年种子作种，并彻底进行种子防治此病的关键。适期播种，培育壮苗，促进棉苗早发，提高抗病力。合理密植，降低田间湿度，防止棉苗生长过旺，并注意防止铃早衰。

因棉炭疽病菌自苗期至收花均能不断进行再侵染，土壤中病残体也是侵染的来源之一，且该病的发展及流行与气候关系密切，因此必须采取系统综合防治措施。除种子处理外，结合合理的农业裁培措施，促使棉苗早发、壮苗，降低土壤湿度，促进早熟，加强通风透光，使之不利于病菌侵染；搞好田园清洁，实行轮作等措施，对减轻病害均有一定效果。

播种前进行种子处理，用40%拌种双可湿性粉剂0.5千克与100千克棉子拌种；也可用70%甲基托布津可湿性粉剂0.5千克与100千克棉子拌种；还可选用70%代森锰锌可湿性粉剂0.5千克与100千克棉子拌种。

苗期发病可用20%稻脚青800倍液，或50%多菌灵800倍液，或70%甲基托布津1000倍液均匀喷雾；若将喷雾器喷头中的旋水片取出，对准根茎部喷浇，效果也很好。蕾铃期发病，用50%多菌灵800倍液，或70%代森锌800倍液均匀喷雾。发病初期喷洒50%醚菌酯干悬浮剂3000倍液或40%炭疽福美可湿性粉剂600-800倍液、25%咪酰胺乳油1000倍液或20%氟硅唑咪鲜胺600倍液、50%甲羟鎓可湿性粉剂1600倍液、或38%恶霜嘧铜菌酯800倍液、25%嘧菌酯悬浮剂1500倍液、或56%嘧菌酯百菌清600-800倍液。