棉花茎枯病是由
棉壳二孢引起的、发生在
棉花的病害。棉花整个生育期均能发病，危害地上部各个器官，但以苗期和蕾期危害较重。
棉花茎枯病病原为棉壳二孢（学名：Ascochyta gossypii Syd.），属
半知菌亚门、
壳二孢属真菌。
分生孢子器球形，具有孔口，一般顶部平坦，有时稍带乳头状突起，其直径一般为160-320微米，大的达500微米。
分生孢子卵形，单细胞，成熟后中央生一隔膜成为双胞（一般双胞率占20%左右），无色，大小（6-10）微米×（3-5）微米。老熟菌丝黑褐色、粗短，新菌丝白色，细长。在普通培养基上，菌落黑色，边缘白色，疏松。
菌丝体在5-32℃之间都能发育，以25℃为最适。
棉花茎枯病在棉花出苗前可造成烂籽、烂根、烂芽。子叶和真叶发病产生紫红色小点，后扩大成近圆形病斑，边缘紫红色，中间淡褐色，具同心轮纹，上面散生小黑点，为病菌的分生孢子器，后期病部组织往往破碎脱落。在长期阴雨条件下，可出现灰绿色急性型病斑，病株叶片犹如开水烫过，垂萎变黑，脱落成光秆。叶柄基部及茎上始为红褐色小点，渐扩大成梭形病斑，中间凹陷，淡褐色，周围紫红色，上面常生有小黑点。叶柄和茎部发病，往往引起叶片脱落，植株枯死。受病组织早期破碎脱落，仅留内皮组织是此病的特征。棉铃上的病斑与茎秆上的相似，只是病斑中央呈黑色，病铃开裂不全，棉绒带灰色，或结成僵瓣，表面生有小黑点。苞叶上的病斑与叶片上的相似。
病菌在种子内、外都可越冬，因此老病区的病种、病叶、残枝烂铃、棉杆上面的越冬病菌，都是第二年传播来源。苗期子叶发病后，如遇雨湿，病斑又可产生分生孢子器，分生孢子借雨滴飞溅，蚜虫携带，传播到同株或邻株，或由大风暴雨夹带扩散到其他棉株和邻近棉田再次侵染。