初步建立了“
双名命名制”,即“二名法”,将以往紊乱的植物名称,归于统一,对植物分类研究的进展影响很大。又根据花的雄蕊数目和位置作了人为分类法,将显花植物分为二十三纲,另总括“隐花植物”为一纲,成“林氏二十四纲”,一时广被采用,双名中的第一个词是属名(如llex,意为冬青属),第二个词是种加词(如aquifolium),两个词共同构成植物普遍使用的名称——物种名(如llexaquifolium,即地中海冬青)。同属的其他物种会有不同的种加词(如llexcrenata是钝齿冬青、llexpernyi是猫儿刺、llexserrata是落霜红等)。如植物,采用两个拉丁化的名字(拉丁双名)来命名。第一个名代表“属”(genus)名,第二个名代表“种加”(specificepithet)词。由属名和种加词组合起来构成了物种名(speciesname)。在种名的后面,再注上命名者的姓名,一方面表示荣誉归属,一方面表示此人要对这个命名负责。
一生收集的植物标本达14000号,根据植物花的雄蕊特征,把植物分成了24个纲,116目,1000多个属和1万以上的种,记载了约140种苔藓植物,使用双命名法为7000种左右的植物命名。因此林奈被称为“植物学之王”。