办刊历史
1982年，《作物品种资源》创刊，由中国农业科学院作物品种资源研究所和中国农学会遗传资源分会主办，该刊共出版了17年发行70期，两次入选全国农作物、农学类核心期刊（为第16位）。
2000年，改名《植物遗传资源科学》，共出版3年12期，发表论文近120万字。
2002年，第一届编委会成立，编委会组成后，由正副主任轮流担任各期的责任主编，在刊物质量方面严格把关。
2002年11月8日，经国家科学技术部批准，《植物遗传资源学报》创刊，主办单位变更为中国农业科学院和中国农学会。
2003年，《植物遗传资源学报》办理了期刊出版许可证和ISSN国际统一刊号，重新设计封面，并改开本为大16开，页码增加到96页。
2004年，《植物遗传资源学报》公开发行。
2006年，《植物遗传资源学报》主办单位变更为中国农业科学院作物科学研究所和中国农学会，页码增加到128页；同年，第2届编委会成立，并于11月17日召开了第一次会议。
2007年，《植物遗传资源学报》对封面作了重新设计，内页全部为铜版纸印刷。
2014年11月，该刊成为原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。
办刊条件
栏目方向
报道内容
《植物遗传资源学报》报道内容为大田作物、同艺作物、观赏植物、药用植物、林木、牧草及其他一切经济植物的有关遗传资源基础理论研究、应用研究方面的研究报告、学术论文和高水平综述或评论。诸如，种质资源的考察、收集、保存、评价、利用、创新、信息学、管理学等，以及起源、演化、分类等系统学，基因发掘、鉴定、克隆、基因文库建立、遗传多样性研究等。重点介绍农艺学学科研究的新进展、新成果、新方法和新技术。
主要栏目
《植物遗传资源学报》主要设有遗传资源、基因挖掘、研究简报、种质创新等栏目。
人员编制
据2018年5月《植物遗传资源学报》编辑部官网显示，《植物遗传资源学报》编辑部拥有顾问8人、编委69人、责任编辑3人、英文编辑1人。
合作交流
2015年10月16-17日，《植物遗传资源学报》编辑部一行4人，应邀到山西省农科院品资所进行学术交流，就学报撰稿、投稿等问题举行专题座谈会。
2015年，《中国种业》、《植物遗传资源学报》两个编辑部一行4人，由两刊常务副主编刘根泉编审带队，应邀前往河北农业大学交流座谈。
办刊成果
收录情况
2003年，《植物遗传资源学报》被科技部西南信息中心“
中文科技期刊数据库”收录，被中国科学技术信息研究所和北京万方数据股份有限公司“万方数据-数字化期刊群”全文收录，被“
中国核心期刊（遴选）数据库”收录；入选“中国学术期刊综合评价数据库”统计源期刊。
2005年，被《中国生物学文摘》和中国生物学文献数据库收录。
2006年，被中国学术期刊文摘（中文版）收录。
2007年2月，被中国科学院文献情报中心、中国科学引文数据库收录为
中国科学引文数据库（CSCD）核心期刊；同年6月，被中国科学技术信息研究所收录为中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）。
此外，被美国《化学文摘（CA）》（2014）收录，是中国科学引文数据库（CSCD）来源期刊（2017-2018年度）（含扩展版）、北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊（2008年版、2011年版、2014年版）。
研究发表
据2018年5月19日中国知网显示，《植物遗传资源学报》共出版文献2474篇。
据2018年5月19日万方数据知识服务平台显示，《植物遗传资源学报》载文量为2221篇。
影响因子
据2018年5月《植物遗传资源学报》官网显示，《植物遗传资源学报》2004年影响因子为0.323，2005年度影响因子为0.872，2006年影响因子为0.873，2007年影响因子为0.941。
2016年，据中国知网和中信所统计，影响因子分别为1.256和1.181，位于农艺学类学术期刊的第3名。
2017年，据中国知网和中信所统计，影响因子分别为1.294和1.180。
据2018年5月19日中国知网显示，《植物遗传资源学报》总被下载517619次、总被引28547次；（2017版）复合影响因子为1.663、（2017版）综合影响因子为1.294。
据2018年5月19日万方数据知识服务平台显示，《植物遗传资源学报》被引量为21864次、下载量为77597次；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《植物遗传资源学报》影响因子为1.41，在全部统计源期刊（6735种）中排第490名，生物科学、农学、农业科学（570种）中排第28名。
荣誉表彰
2004年，荣获第四届全国优秀农业期刊学术类二等奖。
2006年，荣获第五届全国农业期刊金犁奖学术类二等奖。
2008年，进入全国中文核心期刊。
2015年，荣获中国自然资源学会影响力十佳期刊；同年，入选中国科技核心期刊。
2017年，入选“中国精品科技期刊”。
文化传统
办刊宗旨
介绍研究成果和学科进展，进行学术交流，提供可供遗传育种和农业生产利用的优异资源以及中国国外有关研究信息。
形象标识
期刊领导
现任领导
《植物遗传资源学报》编委会领导
主任：刘春明
副主任：刘录祥、李立会、卢宝荣、孙日飞、孙其信、张爱民、董英山
主编：刘旭
副主编：贾继增、王天宇、杨庆文、刁现民、钱前、江玲
编辑部主任：陈丽娟
历任领导
主任：万建民
主编：刘旭