坐标是分子所有质量加权
坐标的线性组合，因此每个简正坐标表征的是一套分子内部运动的组合，而这种组合一定是符合分子所属的对称性群的一个对称类的。
画出一个分子可能的结构，就能够根据这个结构求算出分子的简正坐标，通过考查分子的简正坐标可以了解分子内部运动的能量，可以预测分子在红外光谱和拉曼光谱中的特征吸收峰。
在量子力学中，在用
薛定谔方程解决一些物理图像的本征值问题时，哈密顿量中常存在交叉项，导致微分方程(本征方程)不能用
分离变量法。为此，通过引进一组坐标变换（变换中有待定系数）的方法，把新的坐标表示带入本征方程。通过让交叉项为零的条件把待定系数求出。从而实现把交叉项消去。进而可以用较为常用的
分离系数法求得微分方程的解析解。在上面的叙述中，所提到的坐标变换就叫做“简正变换”，变换后的坐标叫做“简正坐标”。