步清云乃步天踪与玉彤之子，一直在家跟随父亲学习术法，但术法并不太强。因为玉彤患有严重的心衰症，为了持续服用药物才能活命，步天踪将魔门世家灵字分部的掌门之位让给步霄霆，并带一家三口隐居。因为阎王归途操纵药物价格的行为，一家人买不起高价的草药，步清云向父亲提出自己卖艺赚钱，被步天踪拒绝。步天踪为了筹钱，决定去参加大祭司遴选，希望用大祭司的俸禄来购买药物，治疗玉彤之症。步清云一直在家中照料母亲，期间与枭岳结为好友。
后来，阎王鬼途成员之一，阎途十部众中的“太和”——殷若微假意改邪归正，在苗疆活动，期间以医术治疗了不少平民百姓，被称为“殷大夫”。一次，殷若微来到步天踪家，听说清云的母亲玉彤一直在服用药神所开之药方，殷若微心生歹意，将药方“改良”后，让玉彤病情加重，发作一次比一次快，到了无药可医的地步。清云遭受蒙骗，以为殷若微一片好心，丝毫没有怀疑过她。殷若微谎称自己是能救玉彤的人，在殷若微意图刺杀俏如来未果被关入打牢后，清云为了救母亲，私自放出殷若微，犯下大罪而入狱。中途玉彤病危，苗王恩准步清云出狱探视，见母亲最后一面，然而清云却再次找上殷若微，并让枭岳替自己隐瞒行踪。清云夺取了修儒手中的向天抢时，交给殷若微，得到了一袋“丹药”。殷若微说此药只要持续服用，便能让母亲延长生命。殊不知此药竟然是亡命水炼就而成，玉彤吃药后虽然通过亡命水的效果而不死，但也因此对药物上瘾，失去了本性，几乎成为行尸走肉，但清云因为与阎王鬼途做交易，而被关入大牢，秋后问斩，不知道外面的情况。
在步天踪为对抗阎王鬼途牺牲后，清云得到赦免，回到家中，发现母亲早已不是母亲，只是一个亡命水上瘾的患者，清云忍痛杀死自己的母亲，又放火烧掉房屋后遁逃。再次见到殷若微时，愤怒的清云扑向殷若微，要为母亲报仇，却因为武功差距，被打倒在地，毁容之后灌下亡命水的药丹。
清云并没有死，而是被玄武真道的教宗——碧空如洗靳铅华所救。靳铅华教导他“玄武真诀”，以改变面容和声音。期间清云出门找殷若微报仇，将重伤的殷若微乱棍打死，再次回到教宗处时，声音已经改变，面容出现返祖现象，变得半人半魔。其后，他便成为了“沄主”，化名“步天君”，跟随教宗身边继续修炼武功。
一次玄武真道的布道大会上，圣导接天岚意图提拔清云为新的导师，遭受质疑后，为证明实力，清云留名
天下风云碑的天下第一拳。在相继战胜多名对手后，发现一名对手竟然喝过亡命水，一怒之下将其打死。靳铅华知道此事后，为解其心结，让他在天下第一拳之争中打败枭岳。期间，清云受到玄武真道导师之一的司马魁宗蛊惑，得知曾经是阎途十部众之一的丁凌霜还活着，于是独自找上丁凌霜，意图与他同归于尽未果。后与枭岳一战，战斗中，枭岳变成其母玉彤的模样，唤回了清云的本心，结开了他的心结。
之后，靳铅华被剥夺教宗之位，步清云不离不弃，保护在她左右。然而，当靳铅华杀死齐天寿甲，篡夺“神力”，以“真神”自居，强迫世人入教时，步清云和恋红梅、韩竹语想方设法阻止靳铅华，险些丧命。靳铅华死后，步清云接手了玄武真道，协助俏如来维持中原的和平。