1913年初，北京国民政府教育部成立后，规划在全国设立六所高等师范学校，其中五所分别是
北京高等师范学校、
南京高等师范学校、
沈阳高等师范学校、
成都高等师范学校、
广东高等师范学校。
1913年7月7日，经教育部派员实地考察后，决定在东厂口原方言学堂旧址，延用原方言学堂师资及图书设备，筹办国立武昌高等师范学校，并任命
贺孝齐为校长。11月2日正式开学，首批招收预科生124名。学制预科1年、本科3年。
1917年5月，武昌高师根据全国教育发展趋势和学生结业后择业的需要，打破部定章程，在全国率先将博物部改为博物地学部，数学物理部改为数学理化部，史地部改为国文史地部。
1919年5月9日，
国立武昌高师学生率先响应和声援
五四运动。6月1日，王占元派军警残酷镇压并逮捕学生数十人，殴伤武昌高师学生陈开泰、吴序宾等十余人，制造了轰动全国的“六一惨案”。
1922年9月，学校将原来的四部改为八个系。初步奠定了在教育界的地位。校长
张继煦首开新风实行男女同校，创立旁听生制度，废除
学年制，采用
学分制。
1924年9月，按照教育部的命令，国立武昌师范大学又改名为国立武昌大学。后湖北督军肖耀南为抵制
曹锟、
吴佩孚势力的侵入，延揽旅居上海、北京之国民党元老回鄂，会谈结果公推
石瑛为国立武昌大学校长，由北洋政府教育部正式任命。