武汉市教育科学研究院成立于2000年12月，是隶属武汉市教育局的副局级事业单位。

武汉市教育科学研究院于2000年12月由原武汉市教学研究室、武汉市教育科学研究所、武汉市电化教育馆三单位合并，经武汉市机构编制委员会批准成立，隶属武汉市教育局的副局级事业单位。

武汉市教育科学研究院的主要任务是：开展“三大研究”，即教育理论研究、教育宏观决策研究、教育实践研究；做好“两项服务”，即为教育行政决策和学校管理提供咨询服务，为提高中小学（幼儿园）、中等职业学校及成人教育质量提供教学指导服务。在武汉市委、市政府的亲切关怀下，在武汉市委教育工委、市教育局的直接领导下，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，牢固树立和落实科学发展观，紧紧围绕全面推进素质教育这一工作重心，切实履行我院研究、指导、管理和服务的工作职能，为促进全市教育持续、健康发展作出了应有的贡献，正逐渐成为武汉地区教育教学的研究中心、咨询中心、教育培训中心和武汉市教育科研规划管理和指导中心。武汉市教育科学研究院“十二五”规划明确提出创建全国一流教科院的奋斗目标。

丁华锋：院长（试用期一年） 党委书记

朱长华：副院长 党委委员

曹松林：副院长

一、武汉市教育科学研究院内设机构名称

1.院办公室

2.综合业务处

3.科研规划管理指导中心

4.高等教育研究所

5.基础教育研究所

6.中学教学研究室

7.小学教学研究室

8.体卫艺教学研究室

9.职业教育与成人教育教学研究室

10.现代教育技术中心

11.教育信息资源中心

二、武汉市教育科学研究院挂靠机构名称　1.武汉市教育科学规划领导小组办公室

2.武汉市教育学会秘书处

3.武汉教育志编纂委员会办公室

4.武汉市中小学教师继续教育中心

5.武汉教育人才资源开发研究中心

6.全国大中城市教育技术应用专业委员会秘书处

7.全国十城市教研协作体秘书处

8.武汉城市圈教育发展研究中心（筹）

9.武汉市教育质量评价监测中心（筹）

2023年2月，入选拟确认保留武汉市文明单位称号名单。