1984年成立，当时名为“武汉市文物考古工作队”，隶属于武汉市文物管理处，编制15人，1990年增加1人，行政正科级，由武汉市博物馆筹建处代行管理。1995年，武汉市文物考古工作队更名为武汉市文物考古研究所，为副处级事业单位。隶属于武汉市文物管理办公室，武汉市博物馆代行管理。主要承担武汉地区的田野考古发掘、古代历史文化遗迹的保护、武汉地区古代历史的研究，以及其他考古发掘工作。

武汉市文物考古研究所，其前身为武汉市文物考古工作队，成立于1984年7月，1997年12月更为现名。自正式成立至2001年5月，与武汉市博物馆筹建处暨武汉博物馆合署办公。武汉市文物考古研究所于2001年5月正式从武汉博物馆分离，独立成为全额拨款的事业单位，隶属于武汉市文化局，办公地点位于武汉市汉口青年路373号，设立了办公室、一室、二室、三室、文物保管技术室5个职能科室，另按规定设立了党支部和工会。武汉市文物考古研究所设行政事业编制15名，单位职责为:文物登编、修复、保管;文物复制与修复;文物及相关研究;考古发掘。

2016年12月23日，经武汉市编制委员会批复，武汉市文物考古研究所加挂武汉市文化遗产保护研究中心的牌子，市文物考古研究所(市文化遗产保护研究中心)为公益一类副处级规格事业单位，设3个内设机构:综合办公室、考古部和遗产保护中心。其中综合办公室负责党、政、工、团日常事务及相关文书起草工作;组织人事、档案、对外宣传工作;财务管理、车辆管理等后勤工作;安全保卫工作。考古部负责田野考古调查、勘探、发掘工作;田野考古资料的相关整理、研究及撰写工作;武汉地方史及其相关历史资料的研究工作。遗产保护中心负责武汉市地上文物的保护和研究工作;武汉市各项建设工程中的文物保护工作;考古发掘品的相关修复及其文物保管工作;相关专业资料与专业书籍管理、考古专业技术设备操作及管理，并向田野考古提供专业技术支持。

2022年3月，根据武编〔2022〕8号文，市考古所行政事业编制由15名增加至30名。2023年5月，根据武编〔2023〕12号文，市考古所机构规格由副处级调整为正处级，主要职责是:承担全市考古调查、勘探、发掘以及相关文物的整理、修复、研究、保护等工作。事业编制由30名增加至45名，新增编制用于加强考古相关专业人员力量，设6个内设机构，分别为考古协调部、考古研究部、文化遗产保护部、文化遗产保护研究中心、公众考古部及办公室。

武汉市文物考古研究所(武汉市文化遗产保护研究中心)现职责为:负责全市考古调查、勘探、发掘，考古资料整理与研究;负责文化遗产和出土文物的保护、研究;负责文物保护规划和方案编制，承担全市文物保护工程监管;负责世界文化遗产项目申报管理;开展文化遗产宣传、公众考古工作;承办上级交办的其他事项。