中国人民解放军总医院第三医学中心是一所从战火硝烟中走过来的具有光荣传统的部队医院，她的前身是中央警备团卫生所，组建于1937年，曾跟随党中央转战于革命圣地延安和西柏坡，1949年进驻北京，1983年转隶为武警总医院，1990年正式开院，2018年转隶联勤保障部队，隶属解放军总医院。

2018年11月5日傍晚，长安街知事来到北京市海淀区永定路69号原武警总医院，发现门口电子大屏幕上打出“热烈庆祝解放军总医院第三医学中心成立”的字样。

2025年3月26日，解放军总医院第三医学中心泌尿外科医学部诊疗中心正式启用。该诊疗中心下设体外冲击波碎石室、尿动力学检查室、男科诊疗室、内镜治疗室和微创诊疗中心。引进了高清腹腔镜系统、输尿管镜、钬激光碎石机、尿动力学检测仪等先进设备。