比较解剖学（Zootomy/Comparative Anatomy）是用解剖的方法研究比较脊椎动物的鱼纲、两栖纲、爬行纲、鸟纲和哺乳纲及其类群的器官、系统的形态和结构的一门学科。在研究过程中，也根据古脊椎动物的化石找到器官的同功或同源的依据，从而阐明脊椎动物各类别间的系统演化关系。为生物进化理论提供证据。

比较解剖学是属于各系统、各族系的生物所表现的体制以及器官形态加以比较而赋予体系的形态学的一个分支学科，是比较形态学的主要分支学科，对具有多样性特点的生物来说，进行比较观察是不可缺少的，可以追溯到古代。

根据多数事实形成基本概念从而形成独立的学科是在十八世纪以后。创始期的学者可以列举如FeliX Vicq d’ Azyr（1748-1795）居维叶、杰弗里圣希莱尔（G．L．Cuvier， E．Geoffroy Saint-Hilaire）等一些人的名字，以后发展成所谓纯形态学或观念论形态学的流派的除圣希莱尔（Saint-Hilaire）之外，还有梅克尔、戈耶塞、 缪勒、欧文（J．F．Meckel．J．W．von Goethe，J．Mü-er，R．Owen）等。在达尔文创立进化论的同时，比较解剖学受到了显著的影响。比较解剖学的资料被理解为是表明形态系统发生发展的迹象，与比较发生学、古生物学并列，已成为进化生物学的重要组成部分。里斯克尔和戈登巴尔（E．Haeckel、K．Ge-genbaur）等是这个时期的代表学者。比较解剖学虽然主要适用于现代生物，但从广义来说，对古生物也是适用的。