氢化酶体(hydrogenosome)一种由单层膜包裹的球状
细胞器。内含
氢化酶,铁氧还蛋白还原酶(ferredoxin reductase，FdR)，琥珀酰辅酶A转移酶和
琥珀酸硫激酶，能够实现
厌氧条件下
代谢来自
糖酵解产生的
丙酮酸，在氢化酶的作用下，产生分子氢和ATP。氢化酶体只存在于厌氧性的原生动物和近年来才发现的厌氧性真菌（已有20余种）中，这些原生动物和真菌常分布于动物消化道和厌氧环境中，包括深海、淡水厌氧沉积物、蟑螂消化道、白蚁消化道、反刍动物的瘤胃中等。
氢化酶体是厌氧原生生物和真菌中的简单细胞器，它们是双膜的，产生ATP和氢，于是有人提出，它们是线粒体的厌氧衍生物。另一种观点认为，
线粒体和氢化酶体起源于同一祖先，即一种
兼性厌氧细菌。在纤毛虫Nyctotherus ovalis（生活在蟑螂
消化道中）体内发现的一种新型氢化酶体，为氢化酶体起源于一种“善意的”厌氧线粒体的观点提供了新的支持。这一“缺少的环节”（对氢化酶体是独特的，但正像线粒体一样）保持其自己的基因组。它还有需氧生活方式特有的一种电子运输链的残留部分。