《水产种质资源保护区管理暂行办法》于2011年1月5日农业部令[2011]第1号发布，根据2016年5月30日中华人民共和国农业部令2016年第3号《农业部关于废止和修改部分规章、规范性文件的决定》修正。2011年1月5日，农业部令[2011]第1号公布了《水产种质资源保护区管理暂行办法》（以下简称《办法》），这对于强化和规范水产种质资源保护区管理、保护重要水产种质资源及其生存环境、促进渔业可持续发展和国家生态文明建设将发挥重要作用。《办法》明确了水产种质资源保护区的设立条件、报批程序、主管部门、管理机构和主要职责，规定了保护区内禁止或限制从事的活动，进一步完善了涉及水产种质资源保护区的工程建设项目环境影响评价程序。
通过时间
《水产种质资源保护区管理暂行办法》于2010年12月30日经农业部第12次常务会议审议通过，自2011年3月1日起施行。后于2016年5月30日根据中华人民共和国农业部令2016年第3号《农业部关于废止和修改部分规章、规范性文件的决定》修正。
条例正文
第一章 总则
第一条 为规范水产种质资源保护区的设立和管理，加强水产种质资源保护，根据《渔业法》等有关法律法规，制定本办法。
第二条 本办法所称水产种质资源保护区，是指为保护水产种质资源及其生存环境，在具有较高经济价值和遗传育种价值的水产种质资源的主要生长繁育区域，依法划定并予以特殊保护和管理的水域、滩涂及其毗邻的岛礁、陆域。
第三条 在中华人民共和国领域和中华人民共和国管辖的其他水域内设立和管理水产种质资源保护区，从事涉及水产种质资源保护区的有关活动，应当遵守本办法。
第四条 农业部主管全国水产种质资源保护区工作。
县级以上地方人民政府渔业行政主管部门负责辖区内水产种质资源保护区工作。
第五条 农业部组织省级人民政府渔业行政主管部门制定全国水产种质资源保护区总体规划，加强水产种质资源保护区建设。
省级人民政府渔业行政主管部门应当根据全国水产种质资源保护区总体规划，科学制定本行政区域内水产种质资源保护区具体实施计划，并组织落实。
渔业行政主管部门应当积极争取各级人民政府支持，加大水产种质资源保护区建设和管理投入。
第六条 对破坏、侵占水产种质资源保护区的行为，任何单位和个人都有权向渔业行政主管部门或者其所属的渔政监督管理机构、水产种质资源保护区管理机构举报。接到举报的渔业行政主管部门或机构应当依法调查处理，并将处理结果告知举报人。
第二章 水产种质资源保护区设立
第七条 下列区域应当设立水产种质资源保护区：
（一）国家和地方规定的重点保护水生生物物种的主要生长繁育区域；
（二）我国特有或者地方特有水产种质资源的主要生长繁育区域；
（三）重要水产养殖对象的原种、苗种的主要天然生长繁育区域；
（四）其他具有较高经济价值和遗传育种价值的水产种质资源的主要生长繁育区域。
第八条 根据保护对象资源状况、自然环境及保护需要，水产种质资源保护区可以划分为核心区和实验区。
农业部设立国家级水产种质资源保护区评审委员会，对申报的水产种质资源保护区进行评审。水产种质资源保护区评审委员会应当由渔业、环保、水利、交通、海洋、生物保护等方面的专家组成。
第九条 符合条件的水产种质资源保护区，可以由省级人民政府渔业行政主管部门向农业部申报国家级水产种质资源保护区，经国家级水产种质资源保护区评审委员会评审后，由农业部批准设立，并公布水产种质资源保护区的名称、位置、范围和主要保护对象等内容。
农业部可以根据需要直接设立国家级水产种质资源保护区。
第十条 拟设立的水产种质资源保护区跨行政区域或者管辖水域的，由相关区域地方人民政府渔业行政主管部门协商后共同申报或者由其共同上级渔业主管部门申报，按照本办法第九条、第十条规定的程序审批。
第十一条 申报设立水产种质资源保护区，应当提交以下材料：
（一）申报书，主要包括保护区的主要保护对象、保护价值、区域范围、管理机构、管理基础等；
（二）综合考察报告，主要包括保护物种资源、生态环境、社会经济状况、保护区管理条件和综合评价等；
（三）保护区规划方案，包括规划目标、规划内容（含核心区和实验区划分情况）等；
（四）保护区大比例尺地图等其他必要材料。
第十二条 水产种质资源保护区按照下列方式命名：
（一）国家级水产种质资源保护区：水产种质资源保护区所在区域名称＋保护对象名称＋“国家级水产种质资源保护区”。
（二）具有多种重要保护对象或者具有重要生态功能的水产种质资源保护区：水产种质资源保护区所在区域名称＋“国家级水产种质资源保护区”。
（三）主要保护物种属于地方或水域特有种类的保护区：水产种质资源保护区所在区域名称＋“特有鱼类”＋“国家级水产种质资源保护区”。
第三章 水产种质资源保护区管理
第十三条 经批准设立的水产种质资源保护区由所在地县级以上人民政府渔业行政主管部门管理。
县级以上人民政府渔业行政主管部门应当明确水产种质资源保护区的管理机构，配备必要的管理、执法和技术人员以及相应的设备设施，负责水产种质资源保护区的管理工作。
第十四条 水产种质资源保护区管理机构的主要职责包括：
（一）制定水产种质资源保护区具体管理制度；
（二）设置和维护水产种质资源保护区界碑、标志物及有关保护设施；
（三）开展水生生物资源及其生存环境的调查监测、资源养护和生态修复等工作；
（四）救护伤病、搁浅、误捕的保护物种；
（五）开展水产种质资源保护的宣传教育；
（六）依法开展渔政执法工作；
（七）依法调查处理影响保护区功能的事件，及时向渔业行政主管部门报告重大事项。
第十五条 农业部应当针对国家级水产种质资源保护区主要保护对象的繁殖期、幼体生长期等生长繁育关键阶段设定特别保护期。特别保护期内不得从事捕捞、爆破作业以及其他可能对保护区内生物资源和生态环境造成损害的活动。
特别保护期外从事捕捞活动，应当遵守《渔业法》及有关法律法规的规定。
第十六条 在水产种质资源保护区内从事修建水利工程、疏浚航道、建闸筑坝、勘探和开采矿产资源、港口建设等工程建设的，或者在水产种质资源保护区外从事可能损害保护区功能的工程建设活动的，应当按照国家有关规定编制建设项目对水产种质资源保护区的影响专题论证报告，并将其纳入环境影响评价报告书。
第十七条 省级以上人民政府渔业行政主管部门应当依法参与涉及水产种质资源保护区的建设项目环境影响评价，组织专家审查建设项目对水产种质资源保护区的影响专题论证报告，并根据审查结论向建设单位和环境影响评价主管部门出具意见。
建设单位应当将渔业行政主管部门的意见纳入环境影响评价报告书，并根据渔业行政主管部门意见采取有关保护措施。
第十八条 单位和个人在水产种质资源保护区内从事水生生物资源调查、科学研究、教学实习、参观游览、影视拍摄等活动，应当遵守有关法律法规和保护区管理制度，不得损害水产种质资源及其生存环境。
第十九条 禁止在水产种质资源保护区内从事围湖造田、围海造地或围填海工程。
第二十条 禁止在水产种质资源保护区内新建排污口。
在水产种质资源保护区附近新建、改建、扩建排污口，应当保证保护区水体不受污染。
第二十一条 水产种质资源保护区的撤销、调整，按照设立程序办理。
第二十二条 单位和个人违反本办法规定，对水产种质资源保护区内的水产种质资源及其生存环境造成损害的，由县级以上人民政府渔业行政主管部门或者其所属的渔政监督管理机构、水产种质资源保护区管理机构依法处理。
第四章 附则
第二十三条 省级人民政府渔业行政主管部门可以根据本办法制定实施细则。
第二十四条 本办法自2011年3月1日起施行。