为了加强研究和应对气候变化对水资源、水环境和涉水工程等方面的影响，水利部于2007年12月批准依托
南京水利科学研究院组建水利部应对气候变化研究中心（水人教[2007]514号文）。
水利部应对气候变化研究中心（Research Center for Climate Change of Ministry of Water Resources, MWR－RCCC），受部委托承担水利部和国家有关部门交办的有关应对气候变化对水的影响等方面的科学研究和重大问题论证，组织开展应对气候变化对水科学和水工程影响等方面的技术咨询和服务。
水利部应对气候变化研究中心主要依托
南京水利科学研究院现有的水文水资源、水工水力学、河流海岸及材料结构等研究机构的人力、技术和设备优势及科研平台组织开展工作。中心设立水文水资源影响评价、生态环境影响评价两个研究室和中心综合办公室。 水文水资源影响评价研究室的主要研究方向包括：流域水文模拟技术和
分布式水文模型、气候变化影响评价模型、气候变化的流域水文响应、陆气耦合模型及降尺度技术、水资源系统的敏感性及脆弱性分析评价、未来区域水资源情势变化评估、暴雨洪水水文极值变化趋势分析、区域水资源规划与评价、气候变化对水文水资源影响的风险管理体系建设和适应对策研究等。
生态环境影响评价研究室的主要研究方向包括：水质评价模型、水生态环境对环境变化的响应、气候变化对海洋及河流海岸的影响评估、气候变化对重大水工程的影响评价、工程材料对大气的污染以及气候变化对工程材料的影响分析、气候变化对水生态环境影响的风险管理体系建设和适应对策研究等。