2006年9月29日，水利部水土保持生态工程技术研究中心揭牌仪式在京隆重举行，揭牌仪式由
水利部国际合作与科技司高波司长主持，水利部副部长胡四一、水利部总工刘宁、中国工程院陈志恺院士、韩其为院士以及工程中心管委会组成单位领导等13人在主席台就座。水利部人事劳动教育司刘雅鸣司长宣读中心成立批复文件。水利部胡四一副部长、刘宁总工，工程中心管委会主任、
水利部水土保持司刘震司长，
水利部水资源司高而坤司长，工程中心依托单位负责人、
中国水利水电科学研究院匡尚富院长、中科院资源环境与技术局冯仁国副局长在揭牌仪式上致词，工程中心主任、中国水利水电科学研究院胡春宏副院长介绍了工程中心概况。胡四一副部长、刘宁总工等共同为工程中心揭牌。出席揭牌仪式的还有
水利部办公厅等司局、
水利部水利水电规划设计总院等水利部直属单位、中国科学院直属单位、七大流域水土保持部门、有关高等院校和科研单位及新闻单位共计40家单位代表。中国水利水电科学研究院下属处、所、中心的领导参加了揭牌仪式。揭牌仪式前工程中心管委会在刘震主任主持下召开了第一次工作会议，审议通过了工程中心章程及工程中心工作计划，确定了工程中心专家委员会名单。
进入新世纪，国务院把“实现生态环境改善，资源有效利用，促进人与自然和谐相处，以水土资源的可持续利用维系良好的生态环境，促进经济社会可持续发展”作为社会发展的重要目标。目前，水土保持生态建设的科研和技术还不能满足新形势发展的要求，科研长期滞后于生产实践，技术推广服务体系不完善，转化机制不健全。长期以来缺少一个在国家层面上协调全国水土保持科研的机构，一直存在理论研究滞后，科技指导作用乏力的问题。水土保持生态工程技术研究中心，正是在这样大背景下，在各方面大力支持下成立的。希望工程中心充分发挥依托单位的优势和基础条件，紧密围绕国家发展战略目标和水利部中心工作，结合我国水土保持生态修复的实际需要，保证各项工作的顺利开展。
工程中心的总体发展目标是：以水土流失防治和生态修复为重点，面向全国，以自主创新为主导，着重研究水土保持工程建设中热点、难点重大科学技术问题，通过广泛交流合作，优化基础研究装备和完善水土保持技术体系，将水土保持生态工程技术研究中心建成国家一流、具有国际先进水平、集技术研究、产品开发、推广示范、培训为一体的工程技术研究中心。