《水文地质工程地质》由中国地质调查局主管、中国地质环境监测院主办，创刊于1957年，是我国水文地质、工程地质、环境地质、地热地质等学科领域创刊较早、发行面较广的综合性学术刊物之一。

1957年1月，《水文地质工程地质》在北京创刊。

1959年，中国学者、时任中国科学院院长郭沫若先生为《水文地质工程地质》题写了刊名。

1960年7月，该刊因故停刊。

1966年，《水文地质工程地质》不定期出版两期。

1979年1月，《水文地质工程地质》在两度停刊近20年后正式复刊，并从总第45期起由月刊改为双月刊，页码由48页扩版为62页。

1982年7月，该刊领导单位由国家地质总局水文局和地质出版社划归至地质矿产部水文司。

1983年3月，该刊又划归至地质出版社领导。

1989年12月，《水文地质工程地质》编辑部成建制划归中国水文地质工程地质勘查院。

2001年1月，该刊由原来的62页扩版为78页。

2002年3月，由于主办单位中国水文地质工程勘查院工作性质和名称的改变，《水文地质工程地质》主办单位更名为中国地质环境监测院。

2003年1月，扩版为120页；10月，中国地质环境监测院在机构改革中，将《水文地质工程地质》和《中国地质灾害与防治学报》整合为一个编辑部。

2006年1月，扩版为128页。

2014年12月，该刊成为国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

2023年初正式被全球最大的同行评议出版物文摘和引文数据库Scopus收录。

2023年3月，《中国地质灾害与防治学报》通过全球最具影响力的开放存取期刊目录Directory of Open Access Journals （简称DOAJ）评估，被正式收录。

2023年6月，《水文地质工程地质》入选中国科学引文数据库（Chinese Science Citation Database，简称CSCD）核心库。

2023年9月，《水文地质工程地质》入选“第6届中国精品科技期刊”即“中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”项目来源期刊，此为《水文地质工程地质》首次入选第5届后的再次入选。

《水文地质工程地质》每期推送一篇特邀作者撰写的水工环论坛，定期开设水文地质、工程地质、环境地质、地热地质等栏目，并不定期开设探讨与争鸣等新栏目。主要发表水工环地质专业领域前沿研究成果，优先发表国家自然科学基金、国家重大基础研究项目、省部级科技创新基金资助的研究成果；学科边缘及学科交叉研究中探索性成果；以及长期野外工作中取得的经验总结、建议。面向中国国内外水文地质、工程地质、环境地质、农业地质、地热地质等多学科以及交叉学科的广大读者与作者。

据2018年12月《水文地质工程地质》编辑部官网显示，《水文地质工程地质》第五届编辑委员会拥有指导专家10人、委员83人、编辑3人、英文审校1人、编务1人。

为鼓励广大作者撰写高质量的科技论文，推动水文地质、工程地质、环境地质、地热地质行业的学术交流，提升和扩大《水文地质工程地质》的办刊质量与影响力，《水文地质工程地质》编辑部从2013年起开展了优秀论文评选活动。

截至2018年1月，《水文地质工程地质》优秀论文已评选四届。

据2018年12月20日中国知网显示，《水文地质工程地质》共出版文献7012篇。

据2018年12月20日万方数据知识服务平台显示，《水文地质工程地质》载文量为3184篇。

据2018年12月20日中国知网显示，《水文地质工程地质》总被下载1125900次、总被引60134次；（2018版）复合影响因子为1.366、（2018版）综合影响因子为0.876。

据2018年12月20日万方数据知识服务平台显示，《水文地质工程地质》被引量为29763次、下载量为80778次、基金论文量为1786篇；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《水文地质工程地质》影响因子为1.18，在全部统计源期刊（6735种）中排第712名，在天文学、地球科学（226种）中排第63名。

《水文地质工程地质》入选全国中文核心期刊（地质学类）、中国科技核心期刊、中国科学引文数据库核心期刊，同时被美国《剑桥科学文摘》（CSA）、美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）等检索系统收录。

紧密结合国民经济建设，及时反映中国国内外本专业发展的最新理论与技术方法和水工环与其它学科交叉、渗透研究的新动向，促进学科的发展、交流与推广。坚持“百花齐放、百家争鸣”的办刊方针。