水文地质结构系统由不同等级、不同形态、不同成因(建造)、经受不同改造作用，具有不同结构和水力学性质的水文地质综合体空间组合所构成的，具有控水功能并且不断运动演化的有机整体。
地下水系统受环境因素(天然、人工)所制约，具有不同等级、在空间分布上具有四维性质和各自的物理、化学和水动力特征的，不断运动演化(生长、消亡)的地下水单元的统一体。
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地下水系统”和“水文地质结构系统”是构成“水文地质系统”的两个基本要素，两者的对立和统一、作用与反作用，是高级系统——“水文地质系统”具有特定功能的根本原因，是这一高级系统与外部环境进行物质、能量、信息交换的物质基础。
在人类改造自然的过程中，水文地质系统除了受自然条件的控制外，还要受到经济、法律、社会等人为因素的制约。这种受人为影响的水文地质系统，称为复合水文地质系统。复合水文地质系统是由自然水文地质系统和人为系统复合而成。