水文水资源与水利工程科学国家重点实验室依托河海大学、南京水利科学研究院，实验室的前身是1989年批准、1993年建成的水资源开发利用国家专业实验室。2002年被批准成为水资源开发教育部重点实验室。2004年10月经科技部批准，依托河海大学和南京水利科学研究院建设国家重点实验室，2007年6月通过验收。

实验室已成为我国在水文水资源、水环境水生态、水利工程领域开展创新性应用基础研究、解决重大工程关键技术问题、培养高层次人才及进行学术交流的重要基地。 根据水文水资源与水利工程科学面临的国家目标和学科前沿问题，在充分研究本领域发展趋势、结合实验室已有工作成果的基础上，本实验室确立了五大研究方向：

方向一：水资源演变机理和高效利用

研究全球气候变化和人类活动条件下的水资源演变响应机理，提出水资源合理配置与高效管理利用理论与方法。

方向二：水旱灾害形成机理及防灾减灾

研究不同时空尺度水文循环演变规律及水旱灾害形成机理，建立新一代流域水文模型及大气—水文耦合模型。发展复杂防洪系统的实时洪水预报调度技术和方法及旱灾预测系统。

方向三：水生态与水环境演变规律及保护

研究流域水生态与水环境演变的影响规律，突破湖泊内源污染控制的关键理论，建立水生态系统健康诊断标准以及评估体系，发展流域水资源保护理论，支撑水环境质量改善和饮用水安全保障的国家目标实现。

方向四：河口海岸综合治理与保护

研究河口海岸水动力学、泥沙运动和河槽演变机理及其生态环境动力学，尤其是高强度人类活动背景下长江下游-河口河流系统的演变规律，创新工程关键技术。研究天文潮、风暴潮的不同尺度耦合作用机制，建立和完善高精度海岸风暴潮预警预报系统及灾害评估体系。

方向五：水工程安全与新材料

研究水工结构现代设计理论、地震等灾害引起的水工程病害机理与治理关键技术，建立高坝及坝基病害检测和安全监控理论与方法。研发高性能、超耐久、低能耗与环境友好型的水工程新材料。

实验室集中了河海大学与南京水利科学研究院的优势力量，开展应用基础研究和关键技术创新。本评估期承担科研项目134项，到款金额1.22亿元，其中国家“973”计划项目课题6项、“863”计划项目课题9项、自然科学基金重大项目1项与重点项目2项、自然科学基金（含社科、青年基金）项目26项、攻关（科技支撑）项目课题11项，以及国家重大工程项目22项。发表论文395篇，其中SCI检索论文29篇，Ei检索论文123篇；获国家及省部级科技奖一等奖以上11项，其中国家自然科学奖二等奖1项、国家科技进步奖一等奖1项、国家科技进步奖二等奖5项。入选全国优秀博士论文1篇与提名1篇。

实验室拥有老中青相结合、多学科交叉融合、可持续发展的学术梯队，现有固定研究人员62人，以中青年骨干为主，绝大多数都拥有国外学习、进修的经历。有国家杰出青年基金获得者1人，“111创新引智计划”基地1个，教育部创新团队1个，入选国家及省部级人才计划30人次，有20人在国际学术机构中任职。

实验室围绕科学研究重点进行高水平开放实验平台建设，加强对大型实验设备及配套设施投入。本评估期依托单位共投入经费3892万元，其中实验平台建设经费3642万元，运行经费250万元。现有30万元以上大型设备19台（套），其中15台（套）为本评估期内新添置。形成了由公共实验平台与相关实验大厅、大型试验基地组成的功能齐全、设备先进的实验研究系统，全面开放、有偿使用。

2019年3月，被科技部在2018年工程领域和材料领域国家重点实验室评估结果为工程领域优秀类实验室。

实验室力倡“人才为本、学术至上、开放共享、和谐创新”的建设发展理念与“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，实行依托单位领导下的主任负责制，是具有相对独立的人事权和财务权的科研实体。建立了聘任、考核、管理与激励等制度，实体化运行模式创新初见成效，为应用基础研究营造了浓厚的学术氛围。通过承办国际国内大型会议（16次）、特邀报告（12场）、国际学术交流与合作（116人次），以及建立国际合作研究机构（4个）等，增强了开展国际学术交流与合作的能力。