水污染控制系统规划是对一个城市（或区域）水系环境系统工程的方法制定污染控制系统的优化规划。

其主要内容是：以国家颁布的法规与标准为基本依据，以环境保护科学技术和地区经济发展规划为指导，以区域水污染控制系统的最佳综合效益为目标，最佳适用防治技术为对策措施群，统筹考虑污染源发生—防治—排污体制—污水处理—水质质量及其与经济发展、技术改进和加强管理之间的关系，进行系统的调查、监测、评价、预测、模拟和优化决策，寻求整体优化的近、远期污染控制规划方案。对河流水污染控制系统规划的类型可分为以下两类：①最优水质规划，包括河流排污口最小削减量规划、河流排污口最优化处理规划、河流最优化均匀处理规划、河流区域污水输送和处理的最优化规划；②水污染控制的多方案模拟优化规划。后者是目前较为实用有效的区域水污染控制系统规划方法。