水沟系统是海绵动物的主要特征之一，对海绵动物的固着生活方式十分重要。

因为海绵动物的成体没有运动的能力，因此海绵动物的呼吸、摄食、排泄、生殖等生理机能都是依靠水沟系统中的水流来实现的。

海绵动物的水沟系统对于其固着生活有重要意义，呼吸、摄食、排泄、生殖等生理功能都依靠于此。

水沟系统分为三种：单沟型、双沟型和复沟型。

单沟型的体壁上由孔细胞将中央腔与外界连通。水流途径：外界水流——孔细胞进水小孔——中央腔——出水口——外界水流。

双沟型体壁凹凸形成两种水管。一种称流入管，由流入管与外界相通。一种称辐射管，与中央腔相通。水流途径：

外界水流——流入孔——流入管——前幽门孔——辐射管——后幽门孔——中央腔——出水口——外界水流

复沟型是在双沟型的基础上，体壁进一步折叠凹凸形成的。在体壁的中胶层内形成了数目众多的鞭毛室，鞭毛室由领鞭毛细胞构成。鞭毛室借流入管与外界相通，流出管与中央腔相通，中央腔壁也是扁平细胞构成。水流途径：外界——流入孔——流入管——前幽门孔——后幽门孔——流出管——中央腔——出水口——外界