水生生物群落与水环境相互作用、相互制约，通过物质循环和能量流动，共同构成具有一定结构和功能的动态平衡系统。

水生态系统可分为淡水生态系统和海水生态系统。按照现代生物学概念，每个池塘、湖泊、水库、河流等都是一个水生态系统，均由生物群落与非生物环境两部分组成。生物群落依其生态功能分为：生产者（浮游植物、水生高等植物），消费者（浮游动物、底栖动物、鱼类）和分解者（细菌、真菌）。非生物环境包括阳光、大气、无机物（碳、氮、磷、水等）和有机物（蛋白质、碳水化合物、脂类、腐殖质等），为生物提供能量、营养物质和生活空间。

水生态系统中的水生生物，依其环境和生活方式，可分为5个生态类群；①浮游生物。借助水的浮力浮游生活，包括浮游植物和浮游动物两大类，前者如硅藻、绿藻和蓝藻等。后者有原生动物、轮虫、枝角类、桡足类等。②游泳生物。能够自由活动的生物，如鱼类、两栖类、游泳昆虫等。③底栖生物。生长或生活在水底沉积物中，包括底生植物和底栖动物，前者有水生高等植物和着生藻类，后者有环节动物、节肢动物、软体动物等。④周丛生物。生长在水中各种基质（石头、木桩、沉水植物等）表面的生物群，如着生藻类、原生动物和轮虫。⑤漂浮生物。系生活在水体表面的生物，如浮萍、凤眼莲和水生昆虫。

水中的为生物包括细菌、真菌、病毒和放线菌等，分属于上列不同的类群。这类生物数量多，分布广，繁殖快，在水生态系统的物质循环中起着很重要的作用。各种生物在水中分布是长期适应和自然选择的结果。

水生态系统的功能是保证系统内的物质循环和能量流动，以及通过信息反馈，维持系统相对稳定与发展，并参与生物圈的物质循环。水生态系统对外来的作用力有一定承受能力，如作用力过大，则会失去平衡，系统即遭到破坏。

水生态系统的研究任务，是阐明系统中的物质循环、能量流动、演替和平衡的规律，为加强水质管理、防治水污染以及合理开发、利用水生物资源提供科学依据。

20世纪50年代，E.P.奥德姆等人系统的发展了生态系统原理，创立了以生态系统为研究单元的生态系统生态学。60年代以来，由于人类活动的影响，水污染日益加剧，水和水生生物资源遭到严重破坏，引起了人们对水生态系统的重视。