水稻烂秧是秧田中发生的烂种、烂芽和死苗的总称，又可分为生理性烂秧、病理性烂秧、操作性烂秧。其中病理性烂秧主要由禾谷镰刀菌、立枯丝核菌、稻腐霉、层出绵霉等引起，发在在水稻上。烂种、烂芽一般发生在“现青”出苗之前，死苗发生在“现青”出苗以后，特别是在二、三叶期比较严重。

水稻烂秧的病理性烂秧主要由禾谷镰刀菌（Fusarium graminearum schw.）、立枯丝核菌（Rhizoctonia solani kiihn.）、稻腐霉（Pythium oryzae lto et Tokun）、层出绵霉（Achlya prolifera (Nees) de bary.）等引起。它们广泛存在于土壤和污水中，一般以稻腐霉较为常见，层出绵霉次之，立枯丝核菌和禾谷镰刀菌很少发生。

稻腐霉：这类菌的菌丝纤细，发达；游动孢子囊丝状至瓣状，或球形至卵形，成熟萌发时先形成球形泄囊，再在其中产生肾状游动孢子。游动孢子囊也可直接产生芽管。藏卵器球形，内有1个游动孢子。

层出绵霉：这类菌的菌丝呈管状，发达而有分支。游动孢子囊圆筒形或棒状，萌发前囊内原生质同时分割成许多原生质块，随后原生质块再形成游动孢子。游动孢子逸出时为球形，先聚集在孢子囊口，呈休止状经过一段时间后形成具有2根鞭毛的肾状游动孢子。有性繁殖产生球形的藏卵器和细长管状或棒状的雄器，经过受精作用，在藏卵器内形成一至数个卵孢子。卵孢子无色，球形，膜厚，经休眠后直接产生芽管或在芽管上形成游动孢子囊和游动孢子。

禾谷镰刀菌：病菌在基部产生白色至淡粉红色霉即病菌的丝菌体和分生孢子座。分生孢子有大小两型，大型分生孢子镰刀形，弯曲或稍直，无色，有多个分隔；小型分生孢子产生多或少，椭圆形或卵圆形，无色，单胞或双胞。

立枯丝核菌：此菌不产生孢子，只有菌丝和菌核。幼嫩菌丝无色，分支与母支成锐角分支，分支处稍缢缩，分支不远处有1分隔。成熟菌丝淡褐色，分隔缢缩明显，细胞中部膨大呈藕节状。菌核形状不规则，直径1-3亳米，褐色，无内外部分化常数个合并在一起。

烂种指播种时已丧失发芽力的种子。包括催芽前就已丧失活力，但由于催芽技术不当而丧失生活力以及发芽势弱，在催芽过程中未能及时萌芽等。这些种子播种后，变色腐烂。烂种一般纯属生理性因素所引起。

烂芽是指催芽后播种的芽谷，播种后不完全叶伸出（俗称冒青）期间的根、芽死亡现象。烂芽又可分为生理性和传染性两种：

立枯烂秧是水稻烂秧中的重要类型，开始时零星发生，后迅速向四周蔓延，严重时成丛、成片死亡。主要发生在湿润通气的秧田中。最初在根、芽基部呈现稍带水渍状淡褐色斑，随后以根芽基部为中心长出白色绵毛样菌丝体平贴于土表，并很快变成土褐色，也有一些长出白色或淡粉红色霉状物。幼芽基部多软弱，易拔断，最后幼芽和幼根变褐、扭曲、腐烂。

死苗是指第一完全叶展开以后的幼苗死亡。在早稻二、三叶期常易发生，以旱育秧最为严重，湿润育秧次之，水育秧较少。二、三叶期的死苗多属传染性，根据症状可分为青枯型和黄枯型两种：

病理性烂秧的病原菌在土壤和病残体上越冬。条件适宜时产生分生孢子、游动孢子等，借风雨和流水传播，或萌发形成丝在幼苗间蔓延传播，从伤口侵入或直接侵入幼苗。

水稻烂秧的防治方法主要有以下几点：

农业方式：长期灌水秧田发生水稻烂秧后，立即排水落干，使种子幼芽与阳光空气充分接触，促使秧苗迅速扎根。发生“黑根”为主的秧田，可采用小水勤灌，冲淡毒物，促使幼苗恢复健康。

药剂治理：用药前排水落干，留下一层浅水（0.5-1厘米即可）。秧田发生绵腐病或青苔时，喷施硫酸铜或杀毒矾1000倍液，或每666.7平方米施15-25千克草木灰。防治立枯病，可用70%敌磺钠可溶性粉剂1000倍液，于下午5时后进行喷药，用药2天后上水。化学防治绵腐病的方法是用0.05%硫酸铜液喷洒灭菌，采取保温、灌浅水、清沟排水换淡水等措施。化学防治立枯病的方法是播前用敌克松500-1000倍液，按1.5千克/平方米处理土壤；发病后用65-70%敌克松原粉1000倍液，按1.5千克/平方米喷洒。