水行政许可是指水行政许可实施机关，根据公民、法人和其他组织的申请，经依法审查，准予其从事特定活动的行为。 水行政许可实施机关是县级以上人民政府水行政主管部门，或者法律法规授权的流域管理机构或者其他可以行使水行政许可权的组织。根据有关的法律、法规、规章和水行政许可实施办法规定的权限、范围、条件、程序和期限，在行政管理范围内，准予相对人从事某种水事活动的申请，一般通过发放许可证的形式来实施的一种水行政管理制度和水行政执法的方式。

在水行政许可方面，1988年颁布实行的《水法》第三十二条规定：“国家对直接从地下或者江河、湖泊取水的，实行取水许可制度”。1990年水利部、财政部、国家物价局发布的《河道采砂收费管理办法第三条》规定：“河道采砂实行许可证制度”。由此提出了水行政许可证的发放，对今后的规范管理奠定了基础。

2005年7月水利部公布的《水行政许可实施办法》规定：“实施水行政许可，应当遵循公开、公平、公正的原则。

水行政许可实施机关应当公布水行政许可的权限、范围、条件、程序和期限等规定；应当公开水行政许可的实施过程和水行政许可决定的内容。但是，涉及国家秘密、商业秘密或者个人隐私的除外。

水行政许可实施机关应当建立核查、回避、听证、科学决策等制度，保障实施水行政许可的公平和公正。符合法定条件、标准的，申请人有依法取得水行政许可的平等权利，水行政许可实施机关不得歧视。“实施水行政许可，应当遵循便民、高效的原则。”

水行政许可的实施在实际运用时，许可与批准是存在着一定区别的。在水行政许可上，许可是一种行政法律行为，具有产生变更消灭某种权利义务的法律效力，这种权利受法律保护；执行的是国家一项法律制度，并且以发放许可证或者执照等形式来实现；当申请人认为该事项符合许可条件，而主管部门不予许可时，还可以提起行政诉讼；行政许可一旦实施，不得随意变更或中止，如果变更或中止必须要经过法定程序来进行；违反规定的，由行政机关依法进行处罚，直至吊销许可证。

对于批准则有所不同，它既有行政法律行为，也有行政事实行为；它具有约束行为、调整关系的行政效力；不实行发放许可证等证照，只以行政文件的形式来实现目的，对能否批准是不能提起行政诉讼的。

在现代的行政管理中，许可证制度已成为一种十分重要的国家管理制度，并且随着经济与社会的发展，许可证制度的地位日趋重要。比如：为了能够加强对电视剧的行政管理，只有该电视剧取得了许可证后，才可以公开播放。水行政许可的产生和发展，也是社会水事活动变化发展的结果。比如：取水许可制度，是随着社会经济的发展，对水的需求量日益增大，用水与供水的矛盾逐渐加剧，由此而实行的的一种制度；再比如：河道内采砂许可，如果不实行采砂许可制度，滥采乱挖势必造成河势变化，汛期一旦发生洪水，将会对防洪工程以及人民群众的生命财产造成不可估量的损失。因此，实行水行政许可势在必行。

1988年我国颁布的《中华人民共和国水法》中明确规定：“直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当按照国家取水许可制度和水资源有偿使用制度的规定，向水行政主管部门或者流域管理机构申请领取取水许可证，并缴纳水资源费，取得取水权。”“对直接从地下取水的，实行取水许可制度，取水许可制度由水利部门组织实施，并征收水资源费。”由此，为水行政许可奠定了基础，也对取水许可与水资源的再分配进行了科学的管理。实行取水许可制度以后，允许这一单位从这里取水，不允许那一单位从那里取水；允许这一单位多取水，不允许那一单位多取水，这实际上就是水资源的再分配。水行政主管部门批准了取水户的取水申请后，不仅要发给取水许可证，还要保证持证人的合法权益，水量的分配，地区、部门之间的利益，都要处理好，更重要的还是要按取水许可证中规定的取水量进行取水，保证了取水率。

河道内采砂许可证的管理，也充分地显示了其行政许可的优越性，通过采砂许可，控制了采砂量，划定了采砂区，杜绝了滥采乱挖现象，保证了防洪工程的完整，确保了防洪安全。

2005年7月8日，水利部公布《水行政许可实施办法》，并从公布之日起施行。《水行政许可实施办法》是根据《行政许可法》、《水法》、《防洪法》、《水土保持法》等法律法规制定的，目的在于规范水行政许可，保护公民、法人和其他组织的合法权益，维护公共利益和社会秩序，保障和监督水行政许可实施机关有效实施水行政管理。

水行政许可管理经过了十几年的历程，各项管理工作逐步走向正规，从水行政许可的内容上讲，主要有取水许可、河道内采砂许可、河道管理范围内建设项目许可等。

水行政许可是行政许可的重要组成部分，水行政许可管理的逐渐规范，对于加强我国依法治水、依法管水、加快现代化水利建设将会产生重大而深远的影响。