永宁中心小学前身为创办于光绪二十七年(1901年)的行实小学，校址设在永宁西门。1952年，在晋江县教育局和永宁区人民政府主持下，将永宁的永明、育元、朝霞、涵容4所小学与行实小学合并，;定名永宁中心小学，校址设永宁北门。1965年，学校扩建。1979～1981年，在旅菲华侨的支持下，于北门文祠旧址兴建新校舍，建有教学楼、礼堂等，建筑面积3279平方米。校园占地总面积8668平方米。现已搬入了新校舍，在永宁西门外（原旧中学校址）有学生一千多人，教职工五十几人。

2024年9月，石狮市人民政府批复，原则同意将石狮市永宁镇梅林小学、石狮市永宁镇陶青小学并入石狮市永宁中心小学，作为石狮市永宁中心小学梅林校区、石狮市永宁中心小学陶青校区。