江苏丘陵地区镇江农业科学研究所始建于1954年，主要从事农业基础应用研究及技术推广服务。1982年江苏省农业科研机构调整时，被定名为江苏丘陵地区镇江农业科学研究所，1991年增挂镇江市农业科学研究所牌子，2012年镇江市农科所更名为镇江市农业科学院, 属镇江市委市政府和省农科院双重领导。

先后完成国家、省、市级科研项目上千项，发表科技论文1000余篇。国家、省审定的新品种150多个，获品种保护和授权专利150多件，获得市级以上科技成果奖160多项，其中国家科技进步一等奖和江苏省科技进步一等奖各1项，省级以上科技进步奖近80项。近三年来先后实施品种、专利许可转让30余项。建有国家科技特派员创业基地、江苏省企业院士工作站、江苏省草莓公共技术工程中心、江苏省水基化复配农药工程研究中心、镇江市生态农业工程中心、镇江市农作物病原菌抗药性灾害性监测与治理实验室，拥有近3500亩高标准科研试验基地，中心试验室1座，国内外先进的科研仪器设备300余台套。创建的万山红遍农业园区面向全省、走向全国，现有挂牌26个园区总面积4万多亩，“万山红遍”还是中国驰名商标。

我院内设水稻、小麦、蔬菜花卉、果树、植保、生态农业六个研究室和办公室、科研管理科、财务与资产管理科、科技服务科、后勤管理科、纪委办公室六个职能科室，创办有镇江实业公司、镇江万山红遍农业园等科技企业。全院核定编制150人，现有在职在编人员95人，其中研究员16人、副研究员32人，博士6人、硕士36人，享受国务院特殊津贴专家3人，国家级有突出贡献的中青年专家1人、省级有突出贡献的中青年专家4人，省“333工程”培养对象16人。我院老领导、老专家赵亚夫同志被授予全国“时代楷模”“全国道德模范”“全国优秀共产党员”等称号。